苗族醫藥而史悠久，住民問傳說、歌謠和漢族醫書中均有記載。湘黔邊界流傳的歌中就有：「藥王藥王，身明晶亮，穿山越谷，行走受口常，披星戴月，身在四方，三千苗葯，八百單方」。西漢劉向著的《說苑辨物》說：「吾聞古之醫者日苗父，苗父之為醫暫也，行醫於鄉裡。」《神農本草經》記載的藥物有100多種與苗葯同名同義。
明代李時珍《本草綱目》第一冊有15種，第二冊有27種苗族藥物記載。該書菖蒲條引宋代蘇頌的記載：「黔蜀蠻人常將隨行，以治卒患心痛。其生蠻谷中尤佳。人家移植者也堪用，但乾後辛香不及蠻人持來者，此皆醫方所用菖蒲也。」清代吳其溶《植物名實圖考》也收載了不少苗葯。如「白芨根，苗婦取以浣衣，……白芨為補肺要葯」。
苗族醫藥作為一種傳統醫藥和派別體系被人們認識重視乃是清代以後的事。黔東南苗族山區，在乾隆前還未入「官籍」，被視為生界，有「蠻不入境，漢不入峒」之禁令。中醫沒有傳人這些地方。苗族地區的醫學頗負盛名，「苗地多產葯……或吞或敷，奏效甚捷」，也有起死回生之術。19世紀末，松桃廳地甲司苗醫龍老二，能為孕婦腹部取死胎，一月後體愈，曾轟動一時，傳為奇聞。苗醫醫術高明，為後未的軍政要人重視，如鹹同年間張秀眉領導的起義軍就有黃平縣黃瓢人潘告奈裡薑為義軍治刀傷和疾病。長征時期的紅軍將領賀龍非常重視苗醫，多次指示「不但要物色好的苗族嚮導，而且要動員苗醫隨軍前進」。
苗醫在認識疾病及辨病立症等方面，都有自己的特色。黔東南苗醫把病分為症和疾。在辯證分類上有兩綱（冷病、熱病）。五經（冷經、熱經、半邊經、快經、慢經）36症。72疾等辨證原則和理論線索。松桃苗醫也有兩綱（冷熱二症）兩症（冷症熱治，熱症冷治），33症，49翻，10丹毒、六疔六癀等診治疾病的思路。換句話說即36經，72疾，108症。
108症疾中包括了人體消化、呼吸、神經、生殖、內分泌等10大系統；也包括了病症的分科，內科、外科、婦科、兒科、皮膚科、五官科、傳染科、精神科等。
有的苗醫認為：氣、血、水是構成人體的基本物質，人之所以生病，外為水毒、氣毒、火毒所犯，內有情感、信念所動，亦因勞累損傷所致。許多苗醫的觀點是，人體內胃是最主要的器官，胃主宰一切，為人生之本。胃能納，百病除，胃不納百病起，甚至會死。
在臨床實踐中，以黔東南苗醫為例說明。
對病先辨是冷病或熱病，任何病都要按5經辨明屬哪經，36症中屬哪症？72疾中屬哪疾？如腹瀉，首先辨是冷經或熱經。若是冷經腹瀉，病人會怕冷，大便稀，次數增多，欲解又不出。又如咳嗽，同樣辨明屬哪經，「日咳為肺有內火，夜咳為肺有冷痰」，顯然，分別是熱經、冷經。對昏迷、失語、偏癱病人。要辨明是半邊經還是快經。因此每個病人都存在綱、經、症、疾的辯證隸屬關係。
苗族認識疾病有一定局限性，特別是對大腦、五臟六腑等器官的認識更是如此，但苗醫在長期的醫療活動中，對人體產生疾病的種種癥狀、形態、變化的觀察都非常細緻，並通過這些現象來認識疾病。對疾病的命名他們多以植物、動物、礦物的名來命名，這種取類比象，以明比隱和以形賦虛的命名，便於理解，這是苗醫的一大特點。對疾病的診斷，苗醫不同於中醫，也與民間醫有區別，苗醫還因方言土語不同，診病手法也不盡一致，但黔東南、松桃、關嶺、織金等地苗醫，在主體上是基本相同的。
望診：和中醫有共性但又有自己的特色。如中醫一般只看頭髮，少看其他三毛。苗醫認為眉毛不亂而光澤正常，病不重；眉毛散亂，皺眉時眉不舉不良。汗毛直立則說明病重。又如看指紋，中醫苗醫都用在小兒疾病上，但苗醫多以看指紋和手心靜脈陰影。 如看大拇指顏色，黑為失水，紅為受驚，綠色為損傷。苗醫還重視看指甲，多用在婦產科的診斷上，按住婦女的中、小指甲，放開後淡紅色者為口乾舌燥．黃色為月經紊亂……嗅診用的較少，主要用於嘔吐、拉肚、小便異樣的疾病。問診主要問病史，發病時間，發病情況，苗醫很重視發病時間，他們以12時辰的生肖屬相，推斷病況及預後。拿（脈）診十分講究，苗醫把脈分為1 1種脈（中醫是24脈）。拿脈部位和中醫有別，中醫多重寸口脈診法，而苗醫拿脈部位有寸口、腕部、五指、內外踝、內外膝眼、足背、左側乳房的上中部。
按照《黃帝內經》記載，過去脈診是三部九候法。此法分上、中、下三部。分別診頭部、手部、腳部（下肢）的脈搏變化，藉以分析頭、胸、內臟之病一三部九候法之後又出現察上、中、下三部的三部診法，依次是：人迎脈（頸側動脈）法，扣脈（撓動脈法，跌陽脈法）。即足背部高起之處的動脈搏動診法，人們系鞋帶之處。
自東漢以後，人迎脈法，跌陽脈法逐漸被廢棄不用，隻保持寸口脈法至今，而苗醫保持得完好，以松桃苗醫善能操作。
劍河苗醫還有彈筋法，是用手指在病人肌腱或穴位上有節奏有一定張力地彈數次，然後觀察所彈部位的顏色和形態變化，以此推斷疾病所在部位及屬性。
苗醫診斷特點，以望、脈二診為主。望可知其表，脈可知賓裡，表裡結合再加上其他診法，可以準確診病。
苗醫把一切病症納入冷病和熱病的大範疇，從而製訂出「冷病熱治」、「熱病冷治」兩大治則。主要採用內治法和外治法，其外治法特別豐富。內治法由口腔吞服藥物通過胃腸吸收治病，藥品主要有植物葯、動物葯、礦物葯及部分食品。外治法主要有放血療法、刮治法、暴燈火療法、氣角療法、滾蛋療法、發泡療法、佩戴葯療法、熏蒸療法、抹酒火療、燒葯火療法、針挑療法、外洗法、外敷法、拍擊療法、體育療法、熱熨療法。另外有精神療法等等。
苗藥品種繁多，含植物、動物、礦物等，以植物葯最多。貴州是我國著名四大藥材產區之一，有「雲貴川廣，道地藥材」之稱。已記載的藥用植物就有2810多種，約佔全國藥用植物的57%。苗葯已有1000多種。有「草藥之鄉」的關嶺布依族苗族自治縣常用藥按止痛、驅風除濕等分類有180多種，其中大部分是採集利用的苗葯。《松桃廳志》就記載52種苗葯。在長期的醫療活動中，不斷擴大藥物品種。如1990年松桃苗族自治縣隘門鄉苗醫龍冬山深入80坡採集的16種苗葯標本中，就有13種未載入醫藥書籍。苗醫把葯分為冷葯、熱葯兩大類。用藥原則是熱病用冷葯，冷病用熱葯。在黔東南除上述理論之外，還根據藥物性味歸人五經：原則，即味甜、麻、香、辣的葯屬熱葯，歸冷經；香、辣的葯同時歸快經、半邊經；凡酸、澀、苦屬冷葯，歸熱經；黔東北苗醫還稱藥物有酸、辛、苦、澀、甘五味。而黔東南有部分苗醫則按藥物的功效將苗葯分為清、消、汗、吐、下、補六大類。其中補藥又有熱補、溫補及清補之分。
苗葯基礎理論的形成，經歷了漫長的歷史過程，並隨著歷史的前進而發展，長期以來，成為苗醫臨床（證）用藥的指導原則。
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