我國自封建時代初期，宮廷即設置有醫藥機構。秦漢時置太醫令，隋唐有太醫署，宋改為太醫局，金代始改稱太醫院，置提點為長官，明清相沿。清太醫院歸禮部領導，是“掌醫之政令，率其屬以供醫事”的獨立機構，除選拔人員要通過禮部外，平時則獨立行使行政業務清太醫院設長官1名，稱為院使，副長官2名，稱左右院判，下設禦醫10~15人、吏目10~30人，醫士20~40人，恩糧醫生20~30人，切造醫生(負貴藥物)20~30人。這種編制清代各朝雖有增減，但總的體制一直沒有變化。院使為五品官，禦醫均授七品官、準用六品冠帶。
清太醫院原址設在紫禁城內東牆(東華門內往北)，民國初年遷至地安門外東大街路北。
清初，太醫院分設11科，即：大方脈、小方脈、傷寒科、婦人科，瘡瘍科、針灸科、眼料、口齒科、咽喉科、正骨科、痘修科。後來，將痘疹科並入小方脈，將瘡痛科並入口齒科。乾隆年間，太醫院掌9科。清中葉以後，又將傷寒料、婦人科並入大方脈，瘡瘍科改為外科，撤銷針灸及正骨兩科，所以，光緒《會典》中記載，太醫院設5科：大方脈、小方脈、外科、眼科、口齒料。
太醫院自院使到醫土都要按自己的業和等級“給事內廷”(到內宮服務)，輪流值班。值班分內值和外值。內值在各宮內的外監獄值班，又稱宮值；外值在東藥房值班，又稱六值。
凡宮中傳喚太醫院侍直(值班)的醫官入大內(皇宮)看病，都要由禦藥房太監帶領，診治皇帝疾病開出處方後，必須與太監一起在禦藥房合藥，並將藥方聯名封存，然後具本報告處方中所列藥物的藥性和治療大法，醫官和太監在月日(日期)下署名，再進呈皇帝閱覽。奏本(報告)後，將本章登記入冊，由太監收掌，以憑稽考。
煎調禦藥時，太醫院醫官和禦藥房太監一同監視，以兩服藥合為一服，煎好後分別倒入兩支杯子中，一杯由主治醫官先嘗，再由院判、太監依次飲嘗，然後將另一杯進呈皇帝服用。如果配製藥品時，不依照原方及未開明藥味和份量，或雖開具而有漏錯，則將以“大不敬”論罪。
清太醫院的禦醫，除禮部直接調聘外，很多是由各地保舉的。他們不僅都具備深厚的中醫理論和有著豐富的臨床經驗，而且都具有良好的文學修養，在辨證施治中，理法井然，方藥穩妥，尤對慢性病理更是考慮周詳。沒有真才實學的人地方官根本不敢向皇帝推薦。加之宮廷用藥，其豐富精良，民間無法企及。因此，太醫院的醫學成就和醫療水準，可以說代表了當時國家的最高醫學水準。
為了培養宮廷醫務人員和造就中醫人才，清代太醫院內還設教習廳進行醫藥教育，教習廳分設“內教習”和“外教習”兩種。“內教習”是教育太醫院供職的醫生，對其中有培養前途的，給予再教育。“外教習”是教育和培養太醫院醫官子弟或普通平民學醫者。教習廳教官均由太醫院中選派學識素著的醫官擔任，普通平民入學，規定由同鄉的京官具結推薦呈報太醫院再取得太醫院醫官的保結，同時經院使院判考試，認為其學醫可造就者，準其在院等候，順序遞補。這些學員經過重重考核，確系“通曉醫理，身無過犯“者，才可進入“外教習廳”學習。學習期間供食宿，學習科目為雍正初年定有張景嶽《類經注釋》、李明珍《本草綱目》和張仲景《傷寒論》，每3年由禮部堂官到院內主持考試，被錄取後為醫生。晚清政府政務雖已松馳，但對醫官的教育和考查還是十分認真。
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