春秋戰國時期，人們對鬼神致病論產生了懷疑，出現了對疾病的真正原因進行樸素唯物主義說明的各種嘗試。齊國國君生病，乞求神靈保佑，晏嬰認為：疾病是生活所引起的，求神無用。公元前541年，晉侯有疾，鄭國的子產認為疾病是「飲食哀樂」所致，與鬼神無關。秦國名醫醫和則明確提出了六氣致病說。對一些疾病的發生進行了廣泛的說明。
醫和認為自然界存在的陰、陽、風、雨、晦、明六氣，如失去平衡，就會分別導致寒、熱、末、腹、惑、心等6類疾病。他把疾病的原因，歸之於自然界的因素，歸因於人體內部失去某種平衡，這就與鬼神致病論劃清了界限，使之在診斷和治療上採取與巫術迷信截然不同的方法，為醫藥學的發展開闢了廣闊的路線。扁鵲是戰國時期的一位著名民間醫生，姓秦名越人，渤海郡鄚州人，年輕時從長桑君學得醫術。
後來在今陝西、山西、河北一帶行醫。是一個深入民間，為人民解除疾苦的醫學家。由於他診斷準確，療效顯著，簡直和傳說中的神醫扁鵲一樣，人們就乾脆把他叫做扁鵲，他的本名漸漸被人遺忘。他「周遊列國」，「隨俗為變」，處處從病人出發。在邯鄲時，那裡重視婦女，他就當婦產科醫生；在洛陽，那裡尊重老人，他就當耳目科醫生；在鹹陽，那裡珍惜小兒，他就當小兒科醫生。
在診斷方面，扁鵲採用了切脈、望色、聞聲、問病的四診合參法，尤擅長望診和切診。《史記》有「至今天下言脈者，由扁鵲也」的記載。在治療上，扁鵲掌握了當時已經流傳的砭石、針灸、按摩、湯液、慰貼、手術、吹耳、導引等方法。在處理具體病案時，又往往採用多方兼用的綜合療法。他著有《扁鵲內經》等。扁鵲還有一套科學的預防思想。
他認為有6種病不能治：「驕恣不論於理，一不治也；輕身重財，二不治也；衣食不能適，三不治也；陰陽並藏、氣不定，四不治也；形羸不能服藥，五不治也；信巫不信醫，六不治也。」扁鵲提出「信巫不信醫」是六不治之一，反映了扁鵲重醫輕巫的唯物主義態度。扁鵲是中國醫學史上第一位繼往開來的大醫學家，他奠定了祖國傳統醫學診斷法的基礎。扁鵲因診治秦武王病後被秦太醫令李醯妒忌殺害。
《黃帝內經》和其他醫藥學經典問世，長沙馬王堆三號漢墓出土的帛書中，有《足臂十一脈灸經》、《陰陽十一脈灸經》、《五十二病方》和《導引圖》等醫藥學經典著作。前兩部是最早的經脈學和灸療學著作，是中國經絡學說的先聲。《五十二病方》是中國已發現的最古老的醫學方書。「導引」是「導氣令和」和「引體令柔」的簡稱，是呼吸運動和軀體運動相結合的一種醫療體育，《導引圖》是這一方法的形象畫圖，共40餘幅，其中有為專治某種疾病而設的動作，也有以鍛煉身體為目的的動作，生動地反映了春秋戰國時期導引術的盛行。
在無數醫家的臨床實踐和不斷總結的基礎上，戰國晚期出現了一部內容豐富的醫學理論著作——《黃帝內經》，簡稱《內經》。它既非記述一時之言，又非出自一人之手，是一個時代醫學進展的總結性巨著，也是中國現存醫學文獻中最早的一部典籍。該書由《素問》和《靈樞經》兩部分組成，共18卷，162篇。它以論述人體解剖、生理、病理、病因、診斷等基礎理論為重點，兼述針灸、經絡、衛生保健等方面的內容，為祖國醫學理論體系的形成奠定了基礎。
臟腑、經絡學說是中醫基本理論的重要組成部分，這一學說2000多年來被實踐證明是行之有效的，成為中醫體系中辨證論治的基本理論之一。《黃帝內經》還應用當時流行的陰陽五行學說，從理論上闡述了中醫對生理、病理、疾病的發生發展、臨床診斷和治療等基本問題的看法，形成了自成體系的學說。它運用陰陽兩方面對立統一、消長變化樸素的矛盾發展觀點，指出人體必須保持陰陽的相對平衡才不致生病。主張人要積極地「提挈天地，把握陰陽」，以此作為處理醫學中各種問題的總綱。
它將具有樸素唯物主義和辯證法思想的陰陽五行說直接應用於醫療實踐，在當時的歷史條件下是一個了不起的成就。《黃帝內經》強調以防病為主的醫療思想，要人們主動防禦自然界致病因素的侵襲。主張病前預防、病後早治。在病因探究方面，指出引起疾病的外來因素是邪氣，主要指存在於自然界的反常的風、寒、暑、濕、燥、火，還有飲食不節、勞倦過度以及情緒不正常等。
在解剖學方面，記載了人體骨骼和血脈的長度、內臟器官的大小和容量等，大致符合解剖實際。《黃帝內經》在中國醫學史上佔有重要地位，它初步建立了祖國醫學的理論體系，並長期指導著中醫的臨床實踐。《黃帝內經》作為一部科學經典，引起了國外醫學家和科學史家的重視，它的部分內容，已被相繼譯成了日、英、法、德等國文字，在世界上廣為流傳。
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