由於國內動蕩，太平軍平定後湘淮軍得以保留但實力大減

俗話說鳥盡弓藏，兔死狗烹，當年太平軍風起雲湧，席卷半個中國，八旗、綠營望風即潰。輕挺無奈之下不得不下令地方興辦團練，這也就有了湘軍以及由之派生的淮軍、楚軍。

太平天國雖然被鎮壓，戰亂依然不斷。其中最大的有兩股，即活躍在中原的撚軍和盤踞西北的回民軍，在新疆還有所謂的“哲德沙爾汗國”割據一方。滿清統治者就算再想裁撤勇營，也不得不先依靠勇營去對付這些反清武裝。所以湘軍僅僅是縮編，而淮軍也得以保留。

清廷在平定太平天國後，便開始對付撚軍。撚軍騾馬中隊，擅長流動作戰，因此給清軍造成了很大麻煩，唯一一支堪用的滿蒙軍隊就是被撚軍打得全軍覆滅，蒙古親王僧格林沁授首。曾國藩也是因為對付撚軍不利下台，才換上了李鴻章。而淮軍同樣也打了很多敗仗，大將張樹珊被打死，劉銘傳也差點在尹隆河全軍覆沒。最後李鴻章費了九牛二虎之力，大修河防工事，把中原的河流變成禁錮撚軍騎兵的鎖鏈，才終於消滅了撚軍。

平撚之後，滿清又想裁撤淮軍。誰知道又發生了盲目排外的“天津教案”，民眾殺死法國領事、10名修女、2名神父、另外2名法國領事館人員、2名法國僑民、3名俄國僑民和30多名中國信徒，焚毀了望海樓天主堂、仁慈堂、位於教堂旁邊的法國領事館，以及當地英美傳教士開辦的其他4座基督教堂。破壞行動持續了3小時。同治九年（1870年）6月24日，外國軍艦來到天津，七國公使提出抗議。

於是，最能征善戰的淮軍一部（包括銘軍、盛軍等）又被調入京津地區備戰。雖然教案最終以中國讓步得以和平解決，但是此後很長一段時間，北京都面臨著外國的軍事威脅，例如因伊犁問題，沙俄就派出海軍到渤海示威。因此這支淮軍終於作為保衛北京最有戰鬥力的一支武裝力量，被長期保留下來。至於其他的淮軍，例如鼎軍、樹軍等則多被裁撤。

所以淮軍得以保留下來，是與滿清日益深重的國內外危機息息相關的。即使如此，淮軍仍不斷削弱。由平撚戰爭時期的八萬人，到甲午戰爭時期只剩下一萬多人。當初調入天津的盛軍和銘軍，本來都是各有一萬多人的大部隊，也分別減為六千人和四千人，因此在面對日軍時很快就消耗殆盡。從這個意義上來說，一直致力於打壓消滅漢族勇營的滿清統治者，也是自食其果。