《黃帝內經》分為《素問》和《靈樞》兩部分。
《素問》重點論述了臟腑、經絡、病因、病機、病證、診法、治療原則以及針灸等內容。
《靈樞》是《素問》不可分割的姊妹篇，內容與之大體相同。除了論述臟腑功能、病因、病機之外，還重點闡述了經絡腧穴，針具、刺法及治療原則等。
《黃帝內經》基本理論精神包括：整體觀念、陰陽五行、藏象經絡、病因病機、診法治則、預防養生和運氣學說等等：
「整體觀念」強調人體本身與自然界是一個整體，同時人體結構和各個部分都是彼此聯繫的。
「陰陽五行」是用來說明事物之間對立統一關係的理論。
「藏象經絡」是以研究人體五臟六腑、十二經脈、奇經八脈等生理功能、病理變化及相互關係為主要內容的。
「病因病機」闡述了各種致病因素作用於人體後是否發病以及疾病發生和變化的內在機理。
「診法治則」是中醫認識和治療疾病的基本原則。
「預防養生」系統地闡述了中醫的養生學說，是養生防病經驗的重要總結。
「運氣學說」研究自然界氣候對人體生理、病理的影響，並以此為依據，指導人們趨利避害。
歷代醫家用分類法對《黃帝內經》進行研究。其中分類最繁的是楊上善，分做18 類；最簡的是沈又彭，分做4 卷。各家的認識較為一致的是臟象（包括經絡）、病機、診法和治則四大學說。這四大學說是《黃帝內經》理論體系的主要內容。
臟（藏）象學說
臟象學說是研究人體臟腑組織和經絡系統的生理功能、相互之間的聯繫以及在外的表象乃至與外環境的聯繫等等之學說。
臟象學說是以五臟六腑十二經脈為物質基礎的 。當然有關解剖學之內容還遠不止此，但更重要的還是通過大量的醫療實踐不斷認識、反覆論證而使此學說逐漸豐富起來的，最終達到了指導臨床的高度。
《黃帝內經》充分認識到「有諸內必形諸外」的辯證法則，使臟象學說系統而完善 。臟象學說主要包括臟腑、經絡和精氣神三部分。臟腑又由五臟、六腑和奇恆之腑組成。
五臟，即肝、心、脾、肺、腎。
六腑，即膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦。
奇恆之腑也屬於腑，但又異於常。系指腦、髓、骨、脈、膽和女子胞。這裡邊膽即是大腑之一，又屬於奇恆之腑。
臟腑雖因形態功能之不同而有所分，但它們之間卻不是孤立的，而是相互合作、相互為用的。
經絡系統可以分經脈、絡脈和腧穴三部分 。經脈有正經十二：手太陰肺經、手陽明大腸經、足陽明胃經、足太陰脾經、手少陰心經、手太陽小腸經、足太陽膀胱經、足少陰腎經、手厥陰心包經、手少陽三焦經、足少陽膽經、足厥陰肝經。十二經脈首尾相聯如環無端，經氣流行其中周而復始。另有別於正經的奇經八脈：督脈、任脈、沖脈、帶脈、陰蹺脈、陽蹺脈、陰維脈、陽維脈。
經脈之間相交通聯絡的稱絡脈。其小者為孫絡不計其數；其大者有十五，稱十五絡脈。《靈樞·經脈》敘述的非常詳細。
腧穴為經氣遊行出入之所，有如運輸，是以名之。《黃帝內經》言腧穴者，首見《素問·氣穴論》，再見於《素問·氣府論》，兩論皆言三百六十五穴。實際《氣穴論》載穴三百四十二，《氣府論》載穴三百八十六。
精氣神為人身三寶。精，包括精、血、津、液；氣，指宗氣、榮氣、衛氣；神，指神、魂、魄、意、志 。精和氣是構成人體的基本物質，氣和神又是人體的複雜的功能，也可以認為氣為精之禦，精為神之宅，神為精氣神。
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