同治九年七月二十六日（1870年8月22日）上午十點左右，南京城督署府衙西側校場外，兩江總督馬新貽剛剛循例檢閱將士操練完畢。據當天身處金陵計程車人張文虎所記，昨日細雨綿綿，故今日放晴且不悶熱。氣象晴爽，自然觀者如堵。行經箭道時，忽一人從百姓中衝出“攔前喊冤”，馬“方接狀，一人自後至刺刃，親兵急救不及”。馬新貽肋部要害被刺，“已不能言，氣息如絲，刃處無血而口中反流血”。大夫束手無策，馬新貽遂於次日不治而亡。行刺之時，隨行軍士救護不及，待一擁而上捉住刺客張汶祥，張汶祥口中不停地叫喊：“養兵千日，用兵一時。”“有來有去。”“大丈夫一人做事一人當。”“二十年後又是一條好漢。”此事件即轟動晚清朝野的“刺馬案”。
堂堂朝廷一品大員、封疆重吏，居然於光天化日之下遇刺殞命，不啻如晴空驚雷一般，令百官驚愕，使中樞震怒。本來尚關注天津教案的千百雙目光瞬間聚焦於該突發事件上來！
馬新貽
仍處天津教案泥潭中的曾國藩，聽聞噩耗後的第一反應為“曷勝駭愕”：“馬帥中正和平，得之天性。蒞任以來，一切用人行政，無一不允愜眾望，似不致招人仇怨。忽爾罹此奇禍，殊出意料之外。懷賢念舊，感喟良深。”
和恩師一樣，李鴻章聽到這件事也是慨歎“駭痛殊深”。時任浙江巡撫的楊昌濬更是稱“轂帥之事真是天外飛來”！
疆吏愕然，京官也皆表驚懼。如翁同龢認為刺馬案實在是“三百年未有之奇事也，嘻，衰征矣！”消息傳到京城，同治皇帝也是大驚，表示這是千年第一案，最近的也是唐朝元和十年（公元815年）刺殺丞相武元衡了。現在竟然出現在自己在位的時候。慈禧太后聞知此事，當天下午即將曾國藩與李鴻章召到儀鸞殿商量。慈禧太后坐在鸞座之上問道：“這事豈不甚奇？”曾國藩因為事涉自己原任的兩江之地，急忙誠惶誠恐地回答：“這事很奇。”卻不敢再說什麽。
慈禧之“甚奇”在於，清廷費盡氣力扶植以掣肘湘淮勢力的心腹馬新貽怎會突遭不測？
馬新貽，字轂山，號燕門，別號鐵舫，諡號端敏，山東菏澤人，進士出身。自27歲分發安徽太和知縣，二十年間一路升遷，先後出任安徽按察使、布政使、浙江巡撫、閩浙總督等職。47歲那年，馬接替曾國藩，執掌兩江。由其履歷可知，馬氏任職之地，包括皖、浙、閩、蘇、贛五省，此乃太平軍、撚軍肆虐之處，亦是湘淮軍之主戰場。馬以一介書生，能夠於戰亂中少受貶黜，屹立不倒，背後自有清廷力挺。故深諳內情的王闓運一語點出玄機：“新貽起家牧令，雖在兵間，然無殊勳特績。數年之間，致位督撫，竟代國藩總督兩江重地，亦必有為之張目，隱以抗湘淮諸帥者。”
事情發生了就要處理，兩宮表示“凶犯張汶詳，膽敢伺隙行刺，戕殺總督重臣，實屬罪大惡極。必應研訊確情，從嚴懲辦，以申國法”。命令江寧將軍魁玉“督飭司道各官設法熬審，將因何行刺緣由及有無主使情事，一一審出，據實奏聞”。數日後，清廷又著派漕運總督張之萬會同魁玉查案，“務將其中情節，確切研訊，奏明辦理，不得稍有含混”。
兩人審訊一個多月，終於拿出一個結果：“據稱凶犯張汶詳曾從發逆，複通海盜。因馬新貽前在浙撫任內剿辦南田海盜，戮伊夥黨甚多。又因伊妻羅氏為吳炳燮誘逃。曾於馬新貽閱邊至寧波時，攔輿呈控，未準審理，該犯心懷忿恨。……該犯旋至新市鎮私開小押，適當馬新貽出示禁止之時，遂本利俱虧，追念前仇，殺機愈決。……隨眾溷進督署，突出行凶，再三質訊，矢口不移，其供無另有主使各情，尚屬可信。”
曾國藩
對於這個結果，兩宮絕對無法滿意，認定其間“尚有不實不盡”之處。便命調往兩江總督的“曾國藩於抵任後會同嚴訊，務得實情。著再派鄭敦謹馳驛前往江寧”審理。
曾國藩剛剛因為天津教案被罵了個體無完膚。國人責他媚外，洋人責他懲辦不力，感覺“內疚神明，外慚清議”，身心俱疲。這時又接了一個燙手山芋，曾國藩心裡是叫苦不迭。
當然，慈禧太后這一招也是故意的。朝廷調曾國藩去做直隸總督，是用的調虎離山之計。用個新人馬新貽來接他的兩江總督，與他平起平坐，是朝廷在湘軍的地盤裡拱卒。拿馬新貽來試一試湘軍的反映，果然湘軍就給予了回擊。這樣一來恰好抓到把柄在手裡，以後也好駕馭曾國藩!
曾國藩受命，卻不急著起程，他向朝廷稱病，並且還要等李鴻章來直隸辦交接。這原因也說得過去，但他的真實意圖在於還要觀察一下朝廷風向，確認慈禧的意思。如果還要追查，他便繼續推辭。如果要了結，他就去。他已知此案的了結，並非要將案情的幕後查清楚，而是要維持大局。
慈禧見狀連番催促。曾國藩看到慈禧急了，就知道這個案子要了結。如果慈禧不怕兵變，還會那麽著急地催他去嗎?
曾國藩見狀便啟程前去南京，但是他一路並不著急趕路，卻是一路拖延。抵達江寧後，每天不過會客看書，也並不急著審案。而後來在與鄭敦謹共同審案的過程中，曾國藩又往往沉默寡言，極少發問。刑部尚書鄭敦謹進行了將近半個月的審訊後，曾國藩不過是淡淡地提示鄭敦謹，恐怕案子還得像以前那樣奏結。這時，鄭敦謹才知道，原來自己只是擺設，朝廷讓他高調出馬，是要借他的名聲來結案。曾國藩的消極態度中有什麽樣的隱情，耐人尋味。最終，因曾國藩一個“實無指使別情”的奏片，朝廷中止了追求“刺馬”案真相的努力。這句話雖是“此地無銀三百兩”，但出自勳高柱石的曾國藩，力量非同小可，無非告訴朝中軍機大臣：不要再問了，問下去就沒什麽好結果了。
同治十年（1871年）4月4日，張汶祥被凌遲處死，案子算是有了個交代。
奇怪的是，鄭敦謹返京時，曾國藩給鄭大人和隨行的兩個郎中都送了“程儀”，鄭不但分文未取還隨即棄官還鄉，從此沒再入仕。
兩個助手回京後，悄然而失，其中之一，留下一本《南行日記》，記述了審案一事，說：“刺馬案與湘軍有關”，“刺馬案背後有大人物主使”。
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