《黃帝內經》中的五運六氣理論知識是以氣—陰陽—五行—神理論為基礎，應用乾支甲子為演繹工具，論述天時氣候與人類生存環境的變化關係、論述與氣候變化相關的臟腑疾病流行特徵，以及如何預測、治療疾病。藏象、氣機氣化、組方法度、治則治法都是以五運六氣知識為背景提出的，舍此則無以求治其文化源頭和理論根基。這就是認為五運六氣理論所凝練的學術立場是中醫藥理論發展的「臬圭」和「準繩」的理由。
之所以運氣理論凝練出的學術立場是中醫藥理論發展 的「臬圭」和「準繩」，不是虛妄之詞，而是有其充分理由的。
藏象之論
藏象理論是《黃帝內經》（簡稱《內經》）專論五運六氣理論10篇中的《素問·六節藏象論》在論述運氣理論相關內容的基礎上，以「藏象」為命題，強調從事物共性和個性兩方面的認識方法。原文以草木為例，肯定了萬物稟受陰陽之氣的不同有多有少。儘管萬物皆由陰陽二氣所生，條件相同，但稟受的陰陽二氣是有差別的，這就表現為世界萬物千差萬別的複雜性。原文以草之五味變化「不可勝極」，五色變化「不可勝視」，以此說明萬物的複雜內涵。當然，萬物變化的千差萬別，不僅與其稟受的陰陽之氣多少有關，還與萬物本身的物種有關，與土壤氣候等條件有關，與當年相關氣運特點有關。人類作為自然界萬類物種的一員，也有稟受陰陽之氣多少的問題，就每一個體胎孕中五臟六腑，乃至皮肉筋脈骨五體、眼耳口鼻舌五官、爪面唇毛髮五華等的先天發育過程，或者在後天各自行使不同機能之時，對於不同時空的陰陽之氣發生的氣運變化，無不存在著「嗜欲不同，各有所通」和「天地之運，陰陽之化，其於萬物，孰多孰少」的通應氣化關係，此即如「歲有胎孕不育，治之不全，何氣使然……六氣五類，有相勝製也，同者盛之，異者衰之，此天地之道，生化之常也」（《素問·氣交變大論》）。所以該篇將五運理論與藏象內容一併論述，在於突出人體臟腑不僅與人體外在的生理、病理之象相應，而且與人類生存的自然環境中的氣運之象、物象相通相應。這也是該篇將此兩個貌似截然不同體系的知識列為一章論述的良苦用心。而這一理念全面體現於運氣理論的臨床應用之中，如《素問·至真要大論》所論不同氣運條件下的臟腑疾病流行特徵、不同氣運條件所致臟腑病證的臨床表現特徵、不同氣運條件下所致臟腑病證的臨床組方、用藥特點等，無一不是藏象知識在運氣理論中的具體應用。
病機之論
《素問·至真要大論》率先提出「病機」概念，認為掌握病機的重要性和病證與病機的歸屬關係，從而奠定了「審察病機，無失氣宜」的辨證大法。這既是該篇辨證之大綱，也是醫生治病必須細察疾病變化的關鍵所在(「審察病機」)，同時還要結合氣候變化去立法制方(「無失氣宜」)，才能得到滿意的效果。在該篇原文中提出了掌握病機的重要性。病機學說是《內經》作者在應用運氣理論指導臨床實踐經驗中凝練的心得，是其實踐經驗的結晶，因而自其形成之日至今，不僅對中醫臨床實踐有重要的指導意義，而且也奠定了中醫病機學說的基礎，指導後世病機學說的發展，因而成為中醫病機理論的靈魂和源頭。
標本之論
《素問·至真要大論》認為，「夫標本之道，要而博，小而大，可以言一而知百病之害。言標與本，易而勿損；察本與標，氣可令調。」對於《內經》中標本的含義，馬蒔認為，「標本之義，至廣至詳，有天地運氣之標本，有病體之標本，有治法之標本」。諸如《素問》的《六元正紀大論》《六微旨大論》皆言天地運氣之標本；《素問·標本病傳論》及《靈樞·病本》乃以病之先後論標本；《素問·湯液醪醴論》以病者、醫者分標本。《素問·至真要大論》則以風、寒、濕、熱、燥、火（暑）六氣為本，以三陰三陽為標。故而以《內經》運氣理論為主創立的標本知識就成為後世中醫藥學標本理論的根基。
氣化理論
氣化是中華民族傳統文化的重要範疇，也是《內經》所論生命科學知識體系中的重要命題，先秦諸子但凡論氣，無不涉及氣化的內涵。但是，作為「氣化」詞語，則是在《內經》之中首次運用，自此就成為中醫藥學的重要理論而廣受關注。
氣化，是指氣的運動及其所產生的變化。要解讀《內經》中的「氣化」意涵，務必要對所論「氣」和「化」的原文內涵有所認識，才能夠全面而深刻理解其中的意義。僅就「化」字而言，《素問》中出現了524次，《靈樞》中出現了34次，而「氣化」術語僅在《內經》中出現了13次，其中12次是以五運六氣理論為背景加以應用的。僅以「化」而言「氣化」之義，主要有：①天地間陰陽之氣相互作用所導致萬事萬物的一切變化，如《素問·六節藏象論》之「天地之運，陰陽之化，其於萬物，孰多孰少」者是；②天地間一切事物（包括人類）的新生過程及其所需的能量，所以張介賓解釋為「變化之薄於物者，生由化而成，其氣進也；敗由變而致，其氣退也，故曰變化之相薄，成敗之所由也」；③生物生、長、化、收、藏過程中「化育、孕育」的階段（包括人類的生、長、壯、老、已），五行中「土」主「化」，如《素問·六元正紀大論》的「長化合德，火政乃宣，庶類以蕃」之高世栻所釋「化，土氣也」，即是；④運氣術語。風、熱、暑、濕、燥、寒六氣的運行變化及其相應的自然界變化（包括氣運變化對人體的影響），如《素問·氣交變大論》之「各從其氣化也」即是其例；⑤人體臟腑及其精氣所發生的一切生理變化以及能量、信息的轉化（此中又有《素問·陰陽應象大論》所論「精化為氣」之人體精、形和各項機能，源於葯食性味的氣化活動；《素問·天元紀大論》之「人有五藏化五氣，以生喜、怒、思、憂、恐」所說的情感活動是五臟之精的氣化結果）；⑥特指陽氣運化津液的作用和過程（《素問·靈蘭秘典論》）等內容。
在《內經》運氣理論12次論氣化中，認為風、熱、暑、濕、燥、寒六氣的運行變化及其相應的自然界的一切變化，包括氣運變化對人體的影響，自此以後逐漸成為中醫藥理論中的重要概念而加以廣泛應用。
氣機升降理論
《內經》五運六氣理論締造的中醫藥學知識將人體這一複雜的物質和能量的代謝過程，高度地、形象地用「升降出入」予以概括。這是臟腑經絡、陰陽氣血矛盾運動的基本過程。陰陽氣血既是內臟活動的物質基礎，又是在內髒的矛盾運動中所產生。升降出入是泛指體內所有物質的運動和變化，這一過程包括精微物質的吸收、敷布、利用及相互轉化和能量代謝，同樣亦包括所有機體各部分利用後的尾廢物質的轉化、運送和排除過程。人體內物質這一複雜的升降出入運動是在神的統一支配下，每一臟腑組織各自以不同方式的升降出入運動，參與機體的總體運動。生命活動總的畫面是由各個臟腑功能活動的分畫面有機組合的結果。由此可見，人體氣機升降出入運動，非指一兩種物質，亦非指一兩個臟腑單獨活動的結果。所謂非指一兩種物質，就是說體內每一種物質都有自己的升降出入運動方式，而且一切代謝中的物質，又都是圍繞整體氣機的升降出入而運動。所謂非指一兩個臟腑，就是說人體每一臟腑器官都有自己的升降出入的運動方式，而所有的臟腑器官又都是圍繞整體氣機的升降出入運動進行著協調的活動。所以一切人體內物質的最基本、最重要的活動方式，不局限於任何一物質或任一臟腑。此即文中所說的「升降出入、無器不有」（《素問·六微旨大論》）之義。由於氣機的升降出入運動是對人體臟腑功能活動的基本形式的概括，能使體內外物質在新陳代謝過程中產生升降與出入的變化，並保持協調關係。所以自《內經》的五運六氣理論始，就把人體生命活動的基本過程高度地概括為氣機升降出入運動。故有「氣之升降，夭地之更用也」「高下相召，升降相因而變作矣」「非出入，則無以生長壯老已，非升降，則無以生長化收藏」之論。可見，氣機的升降出入運動和新陳代謝一樣，是生物體(植物和動物體的總稱)的生命基本特徵之一，是維持生物體生長、繁殖、運動過程中化學變化的總稱。體現於生命活動的各個環節，貫穿於生命活動的始終。
組方法度
為「主病之謂君，佐君之謂臣，應臣之謂使」（《素問·至真要大論》），這是《內經》依據運氣理論背景為中醫藥學臨床治病時遣葯組方所立的規矩，並且依據氣運變化，示範了如何依據六氣淫勝時的疾病流行特點進行組方。在具體組方法度中，又有「君一臣二，奇之製也；君二臣四，偶之製也；君二臣三，奇之製也；君二臣六，偶之製也」（《素問·至真要大論》）之規定，此後《神農本草經·卷一·敘錄》之「葯有君、臣、佐、使以相宣攝合和」又有進一步的發揮，自此成為歷代醫家遵循的臬圭和準繩。
治則治法
《內經》不僅確立了豐富的治則治法理論，並且結合相關理論給予了多彩的臨床應用使用範例，這是在討論運氣原文所傳載治病方法中最為豐富而詳盡的凝練，如治病求本、標本緩急、正治反治和因時、因地、因人治宜等法則。
治標治本原則認為，臨證治病，務必要做到製方有法度，治病明標本。只有明乎病生於本或生於標，才能「可以言一，而知百病之害」，所以就從辨證求因的角度，並緊扣氣候變化，論述了百病之生於本或生於標和中氣及其治法。「病反其本，得標之病，治反其本，得標之方。」就是說，病有標本，生於本者，生於風寒濕熱燥火；生於標者，生於三陰三陽之氣。如太陽為諸陽之首，而本於寒水。又若病本寒反得太陽之熱化，謂病反其本，得標之病，治宜反用涼葯以治熱，謂治反其本，得標之方。余仿此類推。治病必求其本，求本即可以治標。
再如正治反治原則，提出了「逆者正治，從者反治」「微者逆之，甚者從之」（《素問·至真要大論》）。再如因時、因地、因人製宜原則，《素問·六元正紀大論》之「用涼遠涼，用寒遠寒，用溫遠溫，用熱遠熱，食宜同法」則是「因時製宜」原則的具體應用之例；《素問·五常政大論》之「高者氣寒，下者氣熱，故適寒涼者脹，之溫熱者瘡，下之則脹已，汗之則瘡已，此湊理開閉之常，太少之耳」就是因地、因人製宜治則應用的例證。雖然《內經》多篇具有治病方法的內容，但真正奠定中醫藥治病法則的應當是在傳載運氣理論的篇卷之中。
此處僅就以上七個方面的相關內容，簡要地表達了《內經》傳載的運氣理論是中醫藥學的靈魂和準繩的理由。據此可以看出，如果不明白五運六氣理論，就很難從深層次上理解上述奠定中醫藥理論基礎的重要概念及其理論的背景和本源意義。這也能體現五運六氣理論在中醫藥學中的重要地位。
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