越來越多人對中醫不了解，停留在小說、傳說階段的中醫，認為中醫的治病是要麼是經驗化的，要麼是玄化的，要麼是唯心等等，什麼說法都有，卻沒有真正去了解它，去學習幾頁中醫經典。或是從網路上中醫黑斷章取義後隨意編排解釋的中醫經典，不論是哪種都是以個人意識中「以為的中醫」來評論，或者僅從一些濫竽充數江湖醫生的胡亂解讀從去了解中醫，或者因為自身曾接受過中醫的治療，但沒有成效而否定它。這些都是以片面而否定一項學科，仍以個人意識中的中醫來解釋它。即便中醫傳承者自己都無法做好中醫定位，在於沒有從哲學角度來解釋中醫的科學性，一味地跟在當代分析方法論去解釋中醫，既有封閉的一面，又有不自信的一面。
他們沒有從中醫發展的歷史來看，沒有從中醫的經典傳承來看，沒有從中醫藥在民眾的心理中去了解，沒有從科學的系統方法論去了解，沒有放在當今中外發展的方向去了解，這些都是全面地相關，而不是僅抓住某一項缺點，就全面地否定。因為不論缺點還是優點都是一項科學發展中必須存在的，沒有優點則沒有發展方向，沒有缺點則沒有發展的動力，優勢要逐漸地發揚，缺點也要改善。所有這些都必須放在科學發展的長河裡去理解，而不能孤立地片面地解讀。
古代對客觀世界的認識，產生了自然哲學，在東方的中國就是陰陽五行理論，在古希臘則以《形而上學》（亞裡斯多德）為代表。而自然哲學是現代自然科學的前身，主要是思考面對的自然界的哲學問題，但在西方自牛頓的《自然哲學原理》開始，將自然哲學分成了哲學與科學，再後來科學越分越細，真正形成了「分科而學」的各種門類，形成了包括社會科學演繹、邏輯、經濟、數學、統計等，自然科學中的化學、物理、生物、天文、地理、細胞學等等各門各類，但這些知識門類，都是一種學的知識，就是世界觀。
自文藝復興起，西方科學從古希臘時自然哲學中出獨立各類學科，分科而學即現代所說的「科學」，這些門類在實踐時不存在隻知而不用，必然是要去理解理論與而後去應用實踐。不理解這一點，就不能真理理解真正的「科學」是自然與社會的科學知識與認識它們的方法論的科學。
馬克思和恩格斯發現西方近代科學的孤立、靜止世界觀和方法論的錯誤，將研究對象當成靜態機械來分析的立場、觀點和方法統稱為形而上學，並創立發展形成的世界觀、認識論和方法論的思想體系--唯物辯證法。
二十世紀初，科學界的量子力學、相對論等從實證出發開創了非確定性的系統，形成了貝塔朗菲一般系統論，以及之後的資訊理論、控制論、耗散結構理論、協同學和突變論，這些新的科學理論都試圖突破機械自然觀的藩籬，超越分析還原論的嘗試，終於上世紀末形成產生了複雜性科學。
在新的科學發展後的百年，直到現在大部分人還不知道，系統科學、資訊科學等僅看作現代科學的最新成果，而這些理念目前在這裡似乎比較陌生，並沒有認識到自然科學已經發生的巨大的變化，現在科學已經有兩種體系，一種是落後的機械分析還原論科學，另一種是先進的複雜性科學。
正是因為大多數人還以為的科學是而且僅僅是還原論科學，以這種科學為坐標來定位中醫，判定中醫「不科學」，是那幾代人無法擺脫的歷史局限性。就是今天，仍有相當多的學者堅持認為還原論代表科學作為系統唯一可能的形態，不合還原論的學問就是非科學，甚至是反科學、偽科學。歷史地演化著的，呈現出不同的歷史形態，還原論僅代表其中的一種形態，只能在一定歷史時期居於主導地位。科學系統的轉型演化已相當明顯，複雜性科學所代表的科學新形態已經初步形成。複雜性科學的興起提供了審視中醫的新坐標，終於使人們開始看到中醫超越時代的科學性。
現代醫學在西方從維薩理、哈維等人體解剖學開始，通過對人體的各組成部分直觀描述和研究，分析、還原人體「黑箱」的從而有了現代醫學。進展到一定的階段，由於研究對象的複雜性系統，用分析還原式的生物醫學就有了局限性。於上世紀末產生了「社會-心理-生理」的醫學模式。如同在科學門類中產生了系統論等一系列新的科學一樣，這就是人類醫學發展的漸進的過程，在開放系統下研究醫學，整體性原則也是醫學發展的必然。
而東方自然整體思維如 「天人合一」「一陰一陽謂之道」在醫學上的運用貫穿始終於中醫，古代研究手段的限制，古人用」司外揣內」通過觀察人體的外在表象,以揣測分析其內在狀況和變化，研究人體這個「黑箱」，用綜合分析與人體實驗方法形成經驗，逐漸升華構築而成中醫理論體系。
正是在這兩種發展的不同路線，產生了不同的醫學體系，「天人合一」系統科學觀與分析還原科學觀的產物。西醫受益於現代科技的進步，而對於複雜的生命系統研究來說都是很長的路線要走。然而複雜性科學是基於分析還原科學後發展起來的，也有局限性，需要中醫理論的東方思維提供新的發展思路，因為它從一開始就是走綜合科學之路的。
中醫沒有發現微觀是古代的技術所限，但正是用從外在的表象，演繹出內在的生理規律來進行研究，而進行治療的方法，建立起的理論範式是取類比象的系統思維，並經過生命實驗驗證的過程。
如現代醫學有細菌，但細菌在人體內有什麼反應，中醫雖然是看不到細菌，可以去研究人體內會產生的各種反應不行啊？改變身體的反應，那麼要說滅菌也可以，說改變細菌的生存環境也可以，只要是病好了。這就是整體思維、司外揣內、整體恆動的世界觀，因為中醫是研究人，而不是研究人外的物，通過實驗人與環境、藥物、介入等生理變化規律，人變則物變，物變則人變。與只看到生物藥理，沒有人的整體聯繫生理層次的現代醫學，是兩種思維方法，分析還原與系統整體的區別。
至於中醫是否能蓋得過西醫這就不是醫學的目的，醫學是治病。細菌當然存在，但細菌卻不是孤立存在。 割裂實際的科研，分析研究的方法，不僅病局限了，思維同樣也局限了，如何超越，就看自己。無邏輯則無客觀，無客觀則無理性，無理性必多戾氣，看看中醫黑戾氣就明白了，矛盾就在於「烏合之眾」式的無理性。
中醫需要整體思維，不等於使用中醫的人或談論中醫的人就能理解中醫理論。中醫理論的整體性，不代表排斥分析方法，比如西醫的分析方法與成果並不排斥，那種排斥的行為恰恰是不懂中醫理論的行為。中醫與西醫代表著兩種研究的方法，無法包容的原因只在於二者發展的程度的不同，是內在理論的成熟度不同。
自黃帝內經產生前同樣也經過了分析，黃帝內經中也有解剖的數據與理論，而產生了後來的整體性的中醫醫理，分析與整體是相伴發展的，比如明中期王肯堂、清代的王清任都開展過解剖，理論一直補充了中醫治療的方法。而中醫更需要整體思維，是比理性思維更高層次的綜合。現代社會是需要經濟、政治、法律、技術等等非科學理論本身的因素，離開社會因素談中醫的發展是機械唯物，不系統地學習，用碎片化的言語怎能理解複雜的理論！
疾病與病因，比如糖尿病就是胰島素缺乏，但缺乏只能是胰腺問題嗎，有沒有其它器官功能的影響，胃研人究了，大腸有人研究了，肝有人研究了都有相關的結論，根本原因是人是整體，連心理都會產生影響，相關器官怎麼不可能對胰腺影響，胰腺只是最終的疾病的表現器官而已，但看過治血糖去治大腸、治肝的嗎？所以認為現代醫學「人」，並不是整體的人，僅是「病」，這就是整體與局部的關係。人是系統的，非單一的，病因也是多因素的影響而非單因素的。
在單因素的影響下，西醫高效，快速。但單因素的原因很少，慢病時代不是之前戰爭、飢餓、疫病這種單因素的時代，所以系統整體、複雜科學就與中醫的理論產生交匯，這不僅中醫發展，同時也是科學的發展進程。
中醫特色醫理不是葯，醫理是人的系統的反應，中醫的藥理則是在生命系統中的實踐後抽象升華的，當然與現代分析醫學無法聯通了。例如實驗毒性只是細胞損傷嗎，難道不會生命代謝亢奮，而產生大量的代謝物質超過人體承受，也有代謝不足降低必要過程，不也是毒性。這些中藥能使代謝亢奮或不足，當對於代謝亢奮的病用毒使其降低亢奮狀態，不就正常了，反之也一樣，不就是陰陽平衡了。因此這種思維就是辨證邏輯，是整體性原則，而不是脫離實際的實驗室的形式邏輯。
當然並不是中醫就不能用上細菌等成果，這些細節同樣可以納入中醫理論，如何納入是需要實踐的檢驗，長期的臨床總結，發展不是一蹴而就，需要研究者的共同努力，而不是「烏合之眾」的中醫黑的貢獻。
中醫系統理論是經過長期實踐中形成自己的特色，以東方哲學與自然科學的結合，為複雜性科學提供參考。而現代分析方法在還原論的語境下卻哲學與科學截然分開產生了「哲學已死」的後果。到了綜合科學、複雜性科學時代，哲學與科學應互相融合，真正從整體上去發現而不是分析基礎上的整體綜合，需要以東方哲學的觀點去尋找答案。中、西醫就是兩種科學觀的實踐，複雜系統科學觀與分析還原科學觀的對比，走的是不同的路線。但科學發展的最終是會相互融合的。中醫千年實踐的積累雖遠超西醫，西醫受益於現代科技的助力，但對於複雜的生命系統研究來說都是很長的路線要走，中醫也會在吸收現代科學技術中發展，而不可以局限。
而這兩種模式的差別，更是需要人的思維去領悟，分析還原在於表象形式的思維模式，系統整體在於綜合體驗的思維模式，前者易於標準化，後者難在思維的提升，前者易於陷入實踐的理論唯心，後者才是真正的實踐的唯物，我已在《心學系列文》中進行了思維形成的論述。
最後用一段《李斯熾醫案》裡的話來做總結：李斯熾，1915年畢業於成都高等師範學校（現四川大學）理化系，留校任理化助理。早年師事成都名醫董稚庵，盡得其傳。1958年，成都中醫學院首任院長。
這一個思想問題，中醫和西醫各有各的傳統，各有一套診斷和治療的法則。當然，在診斷上有時是意見一致的，有 時也有不一致的地方。既是中醫，就該運用四診八綱的辨證 方法研究分析，然後運用理法方葯治療。豈能毫無定見，人雲亦雲，抱著明哲保身，對病人不負責任的態度？還有人說中醫只能退症，不能治病，這種說法更覺荒唐，試問正常人會不會有癥狀呢？當然不會有，然則癥狀的發生，說它不因內髒的反應，這是不合邏輯的，有諸內必形諸外。既能消除癥狀，則是能調整內部。然而臟器的恢復不是短時間可能的，必須經過一段時間然後恢復。也有臟器壞死，始終不能恢復，而其他部分起了代償作用，身體恢復健康的都是在情理之中。不能說癥狀消失，內部尚未恢復，筆否定了 治療效能和成績。
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