元朝的建立是忽必烈同阿里不哥爭奪來的，由於雙方都有支持者，所以導致大蒙古國分裂，元朝的建立更是直接宣告蒙古帝國的解體。元朝到了這個時候只是名義上的統治者而已。當時元朝的幾個鄰國，即蒙古四大汗國中，除了遠在西亞、同為托雷家族建立的伊兒汗國向元朝效忠之外，其它三個汗國，即金帳汗國、窩闊台汗國和察合台汗國都對元朝持敵對態度。窩闊台汗國的海都汗更是從至元七年（1270年）前後開始就持續對元朝用兵，不斷入侵元朝所控制的新疆東部和蒙古本部地區，所以元朝的陸地上的軍事壓力始終很大。
而元朝為緩解來自窩闊台汗國和察合台汗國的軍事壓力，就必需聯絡遠在西亞的伊兒汗國，讓伊兒汗國在窩闊台和察合台兩汗國的西境對其進行牽製，同時伊兒汗國也始終面臨埃及馬穆魯克王朝和金帳汗國強大的軍事壓力，也迫切需要元朝的支援。但這時候問題就來了，元朝和伊兒汗國在陸地上被金帳、窩闊台和察合台三大汗國隔開，很難通過陸路直接聯繫。因此就必需通過海路和伊兒汗國進行溝通。
而要通過海路與金帳汗國直接聯繫，就只能走馬六甲海峽和印度洋，這時候爪哇的重要性就體現出來了。至元二十一年（1284年），忽必烈派維吾爾航海家亦黑迷失從泉州出發前往錫蘭（今天的斯裡蘭卡），像後來的鄭和一樣很快引來了南洋10國的歸順，而元朝也很快向位於今天越南中部的佔城國派駐軍隊，以確保南洋航線的暢通。但在此時，南洋的政治形勢卻發生大變。
從至元十七年（1280年）前後開始，在南洋航路中擁有重要地位的爪哇王國，在其國王克爾塔納加臘的率領下呈現出崛起的態勢。他們先後吞並周邊大量小國，並遠征蘇門答臘，滅亡了中國的傳統藩屬三佛齊國，高峰時將馬來半島和蘇門答臘島均納入自己的統治之中，克爾塔納加臘更是自稱“萬王之王”。
而爪哇控制了馬六甲海峽周邊地區之後，通過掌控香料貿易獲利頗豐，在經濟和政治上都對元朝不再有任何依賴，因此對元朝的海上貿易和與伊兒汗國之間的溝通產生了重大威脅。
而忽必烈得知當地的情形之後感到不安，因此在至元二十六年（1289年）派特使孟琪出使爪哇，進行招撫。但克爾塔納加臘不但拒絕招撫，而且將孟琪的耳朵割掉，並在其臉上用烙鐵印字，還在將其遞解出境期間對其大肆辱罵。
克爾塔納加臘的舉動徹底激怒了忽必烈，使他下決心討伐爪哇，重新奪回馬六甲海峽周邊的主動權。但在次年，佔城國卻也驅逐了元朝的駐軍，使元軍出征時間推遲，也使其南征的難度加大。不過忽必烈決心己定，還是組建了主要由北方漢軍和南方新附漢軍組成的約兩萬軍隊，由史弼、高興和亦黑迷失三人率領，在至元二十九年（1292年）出師南征。
而此次出征，其實忽必烈的目的也並非要佔領爪哇，而只是要收服爪哇，使其稱臣，解除其對馬六甲航線的威脅，因此在出征之前忽必烈對三名將領說：“卿等至爪哇，明告其國軍民，朝廷初與爪哇通使往來交好，後刺詔使孟右丞之面，以此進討。”而元軍抵達之前，爪哇國卻已經先行發生了政變，將孟琪刺字的克爾塔納加臘被殺，他的駙馬土罕必闍耶被迫向新君效忠，但卻暗中聯絡元軍，表示願意作元軍的內應，元軍艦隊在至元三十年（1293年）農歷二月抵達爪哇。
艦隊抵達之後，元軍在前期戰鬥中比較順利，在內應的接應下殺敵5000餘人，繳獲了價值5000多萬兩銀子的戰利品。但不久後土罕必闍耶卻趁元軍不備反水，元軍猝不及防，損失慘重，只得放棄所有戰利品倉皇撤退。南征爪哇以失敗告終。
元軍回師之後，忽必烈雖然不甘心失敗，想再組建十萬人的大軍再次南征，但卻在一年之後去世，再次南征的計劃擱置。
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