《內經》最早論述了天地陰陽、人體時間節律，如六十年甲子節律、年節律、五運節律、六氣節律、季節律、月節律、日節律、脈象變動節律、疾病的時間節律等，一部《內經》，約有四分之一的篇幅論述各種時間節律。中醫時間醫學是研究時間節律與疾病關係的學說。中醫時間醫學研究的內容包括對人體時間節律規律診斷和治療、用藥的時間規律、時間預防和養生、採藥的時間等研究內容。
一、天地陰陽節律
地球圍繞太陽公轉，一圈為一年，歷經春夏秋冬，年年如此，歲歲不移，因此，地球上萬物也隨地球的運動而受影響，地球自轉產生日夜二十四小時，地球公轉是產生五運六氣理論的基礎。
《素問·至真要大論》雲：「本乎天者，天之氣也，本乎地者，地之氣也，天地合氣，六節分而萬物化生矣。」
1.六十甲子節律
《素問·六微旨大論》曰：「氣象始於甲，地氣始於子，甲子相會，命曰歲立。」《素問·天元紀大論》雲：「天以六為節，地以五為製。周氣象者，六期為一備；終地紀者，五歲為一周……五六相合而七百二十氣，為一紀，凡三十歲；千四百四十氣，凡六十歲，而為一周，不及太過，斯皆見矣」。又雲：「甲己之歲，土運統之，乙庚之歲，金運統之；丙辛之歲，水運統之；丁壬之歲，木運統之；戊癸之歲，火運統之。」
六十年又為氣令變化的一大周期，每年各有不同，充分說明了天地陰陽的運行規律，古人用甲子記年、月、日，這與現代天文學所論太陽、地球、月亮的周期規律是一致的。
2.日月運行節律
《靈樞?歲露論》雲：「人與天地相參也，與日月相應也。」《靈樞·歲露》雲：「乘年之衰，逢月之空，失時之和，因為賊風所傷，是謂三虛……逢年之盛，遇月之滿，得時之和，雖有賊風邪氣，不能危之也。」《素問?厥論》雲：「春夏則陽氣多而陰氣少，秋冬則陰氣盛而陽氣衰。」
《內經》指出，人體機能隨月盈虧而變動。《素問?八正神明論》雲：「月始生，則血氣始精，衛氣始行；月郭滿，則血氣實，肌肉堅；月郭空，則肌肉減，經絡虛，衛氣去，形獨居。」認識到人體與日月的運動、潮汐漲落有相關性。現今已證明，月球圍繞地球公轉不僅在地球上引起潮汐現象，而且對人體的代謝確有影響。如婦女月經最能說明問題，月球繞地球一周是29.53天，而大量統計資料表明女性月經周期平均是29.50天，基本上等於一個朔望月。
《內經》指出：人體機能與月盈虧而變動，「月始生，則血氣始精，衛氣始行」，「月廓滿，則海水西盛，人血氣積」，「月廓空，則海水東盛，人氣血虛，其衛氣去」。《內經·歲露》曾說「逢年之盛，遇月之滿，得時之和，雖有賊風邪氣不能危之也」，「乘年之衰，逢月之空，失時之和，因為賊風所傷，其死暴疾也」。
《素問·寶命全形論篇》雲：「人以天地之氣生，四時之法成……人能應四時者，天地為之父母……人生有形，不離陰陽，天地合氣，別為九野，分為四時，月有小大，日有短長，萬物並至，不可勝量。」
說明自然界天地陰陽之氣與人體息息相通，人的各種生理活動及病理變化受到天地令節律等因素的影響。
《素問?八正神明論》雲：「凡刺之法，必候日月星辰，四時八正之氣，氣定乃刺之。是故天溫日明，則人血淖液而衛氣浮，故血易瀉，氣易行；天寒日陰，則人血凝泣而衛氣沉。月始生，則血氣始精，衛氣始行；月郭滿，則血氣實，肌肉堅；月郭空，則肌肉減，經絡虛，衛氣去，形獨居。是以因天時而調血氣也。是以天寒無刺，天溫無疑。月生無瀉，月滿無補，月郭空無治，是謂得時而調之。因天之序，盛虛之時，移光定位，正立而待之。故日月生而瀉，是謂臟虛；月滿而補，血氣揚溢，絡有留血，命曰重實；月郭空而治，是謂亂經。陰陽相錯，真邪不別，沉以留止，外虛內亂，淫邪乃起。」
《素問?八正神明論》雲：「月始生，則血氣始精，衛氣始行；月郭滿，則血氣實，肌肉堅；月郭空，則肌肉減，經絡虛，衛氣虛，形獨居。」並以此而提出：「月生無瀉，月滿無補，月郭空無治，是謂得時而調之」的治療原則。即提示治療疾病時須參考每月的月相盈虧圓缺變化規律，這在婦科的月經病治療規律中較為常用。
養生原則講究春夏養陽、秋冬養陰，即順從陰陽的動態去進行養生，春生夏長，動態是陽；秋收冬藏，動態是陰。
《內經》制定了時間治療學的基本原則，提出了「從陰陽則生，逆陰陽則死，法天則地，隨應而動」；「時必順之」；「熱無犯熱，寒無犯寒」；「無失天信，無逆氣宜」，針刺補瀉，因時隨迎等治則。
《素問?六元正紀大論》謂：「用寒遠寒，用熱遠熱」也是根據季節氣候的變化不同，對人體生理病理的影響各異，而使用不同寒熱溫涼的藥物治療。
3.歲節律
在我國古代，歲與年是兩個不同的概念。歲是指365天5小時48分的太陽回歸年；年是指354日的太陰年。《史記·月令》註疏中說：「中數曰歲，朔數曰年。中數者，謂十二月中氣一周，總三百六十五日四分之一，謂之一歲；朔數者，謂十二月之朔一周，總三百五十四日，謂之年。」五運六氣理論是以歲為基礎。
每歲之運氣是起始於甲子，氣象始於甲，地氣始於子，子甲相合為歲立，每年各有所主。《素問·六微旨大論》雲：「氣象始於甲，地氣治於子，子甲相合，命曰歲立，謹候其時，氣可與期。」
人要適應天地運行規律，必先掌握每年的運氣變化規律，適應天地之氣的常化和變化。《素問·五常政大論》雲：「必先歲氣，無伐天和。」《素問·五運行大論》雲：「子午之上，少陰主之；醜未之上，太陰主之；寅申之上，少陽主之；卯酉之上，陽明主之；辰戌之上，太陽主之；巳亥之上，厥陰主之。」《素問?天元紀大論》雲：「子午之歲，上見少陰；醜未之歲，上見太陰；寅申之歲，上見少陽；卯酉之歲，上見陽明；辰戌之歲，上見太陽；巳亥之歲，上見厥陰。」
《素問·六元正紀大論》雲：「歲半之前，氣象主之；歲半之後，地氣主之。」《素問·五運行大論》雲：「先應其年，以知其氣，左右應見。」
《靈樞·五變》雲：「先立其年，以知其時，時高則起，時下則殆，雖不陷下，當年有沖通，其病必起，是謂因形而生病，五變之紀也。」
醫者必明歲運與氣候對人體發病的影響。《素問·六節藏象論》雲：「不知年之所加，氣之盛衰，虛實之所起，不可以為工矣。」
4.季節律
《內經》中有四季、五季的不同概念，四季是根據天地陰陽消長規律而定，五季則是根據天體運行與五星定位、五行、五運規律而聯屬，五季與十月太陽曆有關。《鶡冠子·環流》雲：「鬥柄東指，天下皆春；鬥柄南指，天下皆夏；鬥柄西指，天下皆秋；鬥柄北指，天下皆冬。」
天地四時陰陽變化是萬物生存的根本。《素問·四時調神大論》雲：「四時陰陽者，萬物之根本也。」
人與天地陰陽相應，四時之氣相通。《素問·臟氣法時論》雲：「合人形以法四時五行而治。」《靈樞·順氣一日分為四時》雲：「春生、夏長、秋收、冬藏，氣之常也，人亦應之。」
四季：生命要順應天地陰陽，法則天地，四季變化，陰陽交替，春生、夏長、秋收、冬藏，人體的氣血與之相順應，四時氣候變化，對應人體相應臟腑，人體的脈象也隨四時而變化。
《靈樞·逆順雲》：「氣之逆順者，所以應天地、陰陽、四時、五行也。」
《靈樞·順氣一曰分為四時》雲：「春生夏長，秋收冬藏，是氣之常也，人亦應之」。《素問·六節臟象論》雲：「心者，生之本……為陽中之太陽，通於夏氣。肺者，氣之本……為陽中之太陰，通於秋氣。腎者……為陰中之少陰，通於冬氣。肝者，罷極之本……為陽中之少陽，通於春氣。」
四時五季六氣的運動變化與人體有著密切的聯繫。《素問·陰陽應象大論》雲：「天有四時五行，以生長收藏，以生寒暑燥濕風。人有五臟，化五氣，以生喜怒悲憂恐。」
《靈樞·順氣一日分為四時》雲：「人有五臟，五臟有五變，五變有五輸，故五五二十五輸,以應五時。」
人的生理病理也與四時氣候變化有密切的聯繫，疾病與異常的氣令相關，四季的變化對人體發病是有影響的。《素問·金匱真言論》雲：「東風生於春，病在肝，俞在頸項；南風生於夏，病在心，俞在胸脅；西風生於秋，病在肺，俞在肩背；北風生於冬，病在腎，俞在腰股。」《素問·臟氣法時論》雲：「肝主春,足厥陰少陽主治，其日甲乙，肝苦急,急食甘以緩之……病在肝，愈於夏，夏不愈，甚於秋，秋不死，持於冬，起於春」。《素問·四氣調神大論》雲：「逆春氣，則少陽不生，肝氣內變。逆夏氣，則太陽不長，心氣內洞。逆秋氣，則太陰不收，肺氣焦滿。逆冬氣，則少陰不藏，腎氣獨沉……從陰陽則生，逆之則死，從之則治，逆之則亂。反順為逆，是謂內格。」醫者要知四時陰陽為萬物的根本，治病之道在於順應天時，否則災害至，疾病起。《素問·四氣調神大論》雲：「夫四時陰陽者，萬物之根本也……以從其根，故與萬物沉浮於生長之門。逆其根，則伐其本，壞其真矣。故陰陽四時者，萬物之終始也，死生之本也，逆之則災害生，從之則苛疾不起，是謂得道。」
疾病的發生與自然界四時的異常氣候有關聯，如春天生東風，如果太過異常，影響人體肝臟；夏天生南風，異常則影響人體心臟；秋天生西風，異常則影響人體肺臟；冬天生北風，異常則影響人體腎臟。
《素問·金匱真言論》雲：「東風生於春，病在肝，俞在頸項；南風生於夏，病在心，俞在胸脅；西風生於秋，病在肺，俞在肩背；北風生於冬，病在腎，俞在腰股；中央為土，病在脾，俞在脊。故春氣者病在頭，夏氣者病在臟，秋氣者病在肩背，冬氣者病在四肢。」
《素問·陰陽應象大論》雲：「冬傷於寒，春必溫病；春傷於風，夏生飧泄；夏傷於暑，秋必痎瘧；秋傷於濕，冬生咳嗽。」
人要順應四時養生，和於陰陽，以防病治病。春天到來，萬物以榮，要早睡早起，散步旅遊，順應春氣之生髮；夏天萬物生長，要保持情緒穩定，享受陽光，適當運動，順應陽氣的發散；秋天涼燥，要早睡早起，保持平和的心態，收斂神氣，勿使外泄，多食水果，清肺氣，以應秋氣；冬天要養精氣，早睡晚起，減少運動，以應冬氣閉藏。
《素問·四氣調神大論》雲：「春三月，此謂發陳，天地俱生，萬物以榮，夜臥早起，廣步於庭，被發緩形，以使志生，生而勿殺，予而勿奪，賞而勿罰，此春氣之應，養生之道也。逆之則傷肝，夏為寒變，奉長者少。夏三月，此謂蕃秀，天地氣交，萬物華實，夜臥早起，無厭於日，使志無怒，使華英成秀，使氣得泄，若所愛在外，此夏氣之應，養長之道也。逆之則傷心，秋為痎瘧，奉收者少，冬至重病。秋三月，此謂容平，氣象以急，地氣以明，早臥早起，與雞俱興，使志安寧，以緩秋刑，收斂神氣，使秋氣平，無外其志，使肺氣清，此秋氣之應，養收之道也，逆之則傷肺，冬為飧泄，奉藏者少。冬三月，此謂閉藏，水冰地坼，無擾乎陽，早臥晚起，必待日光，使志若伏若匿，若有私意，若已有得，去寒就溫，無泄皮膚，使氣亟奪，此冬氣之應，養藏之道也。逆之則傷腎，春為痿厥，奉生者少……天地四時不相保，與道相失，則未央絕滅。唯聖人從之，故身無奇病，萬物不失，生氣不竭。逆春氣，則少陽不生，肝氣內變。逆夏氣，則太陽不長，心氣內洞。逆秋氣，則太陰不收，肺氣焦滿。逆冬氣，則少陰不藏，腎氣獨沉。夫四時陰陽者，萬物之根本也。所以聖人春夏養陽，秋冬養陰，以從其根，故與萬物沉浮於生長之門。逆其根，則伐其本，壞其真矣。故陰陽四時者，萬物之終始也，死生之本也，逆之則災害生，從之則苛疾不起，是謂得道。」又雲：「從陰陽則生，逆之則死，從之則治，逆之則亂。反順為逆，是謂內格。」
《素問?四氣調神大論》雲：「逆春氣，則少陽不生，肝氣內變。逆夏氣，則太陽不長，心氣內洞。逆秋氣，則太陰不收，肺氣焦滿。逆冬氣，則少陰不藏，腎氣獨沉。夫四時陰陽者，萬物之根本也。」
5.月節律
《內經》中有十二月節律、十月節律，主要以十二月節律，並與十月太陽曆的十月節律有機結合。
十二月：十二月之中，人氣順應每月的氣候變化而自我調節，適應自然規律。如正月二月，人氣在肝；三月四月，人氣在脾；五月六月，人氣在頭；七月八月，人氣在肺；九月十月，人氣在心；十一月十二月，人氣在腎。這是人氣與天地相應，每月的運行規律。所以我們在臨床實踐中，要認識每月的發病特點，以指導治療。《素問·診要經終論》雲：「正月二月，氣象始方，地氣始發，人氣在肝。三月四月，氣象正方，地氣定發，人氣在脾。五月六月，氣象盛，地氣高，人氣在頭。七月八月，陰氣始殺，人氣在肺。九月十月，陰氣始冰，地氣始閉，人氣在心。十一月十二月，冰復，地氣合，人氣在腎。」
《靈樞·五亂》雲：「經脈十二者，以應十二月。十二月者，分為四時。四時者，春秋冬夏，其氣各異。」
《素問· 陰陽別論篇》雲：「黃帝問曰：人有四經、十二從，何謂？岐伯對曰：四經應四時，十二從應十二月，十二月應十二脈。」
《靈樞·陰陽系日月》雲：「寅者，正月之生陽也，主左足之少陽；未者六月，主右足之少陽。卯者二月，主左足之太陽；午者五月，主右足之太陽；辰者三月，主左足之陽明；巳者，四月主右足之陽明。此兩陽合於前，故曰陽明。申者，七月之生陰也，主右足之少陰；醜者十二月，主左足之少陰；酉者八月，主右足之太陰；子者十一月，主左足之太陰；戌者九月，主右足之厥陰；亥者十月，主左足之厥陰。」
《素問·脈解》雲：「正月陽氣出在上而陰氣盛，陽未得自次也，故腫腰脽痛也。病偏虛為跛者，正月陽氣凍解地氣而出也，所謂偏虛者，冬寒頗有不足者，故偏虛為跛也……九月陽氣盡而陰氣盛，故心脅痛也……五月盛陽之陰也，陽盛而陰氣加之，故灑灑振寒也。所謂脛腫而股不收者，是五月盛陽之陰也，陽者衰於五月，而一陰氣上，與陽始爭，故脛腫而股不收也……十一月萬物氣皆藏於中，故曰病脹。所謂上走心為噫者，陰盛而上走於陽明，陽明絡屬心，故曰上走心為噫也。所謂食則嘔者，物盛滿而上溢，故嘔也。所謂得後與氣則快然如衰者，十二月陰氣下衰，而陽氣且出，故曰得後與氣則快然如衰也……十月萬物陽氣皆傷，故腰痛也……三月陽中之陰，邪在中，故曰?疝少腹腫也。」
《素問?脈解》雲：「太陽所謂腫腰脽痛者，正月太陽寅，寅太陽也……少陽所謂心脅痛者，言少陽盛也……陽明者午也，五月盛陽之陰也…太陰子也，十一月萬物氣皆於藏於中……少陰者腎也，十月萬物陽氣皆傷，故腰痛也……厥陰者辰也，三月陽中之陰，邪在中。」
6.二十四節氣節律
《素問·六節藏象論》雲：「五日謂之候，三候謂之氣，六氣謂之時，四時謂之歲，而各從其主治焉。五運相襲，而皆治之，終期之日，周而復始，時立氣布，如環無端，候亦同法。」
共二十四節氣指大寒、立春、雨水、驚蟄、春分、清明、穀雨、立夏、小滿、芒種、夏至、小暑、大暑、立秋、處暑、白露、秋分、寒露、霜降、立冬、小雪、大雪、冬至、小寒。
二十四節氣是中歷確定月名月序和設定閏月的憑藉，節氣由太陽位置決定，反映太陽視運動。《淮南子·天文訓》雲：「兩維之間九十一度(也)十六分度之五，而升日行一度，十五日為一節，以生二十四時之變。」北斗鬥柄日行一度，十五天為一個節氣，運行一周而產生二十四節氣。
（6）晝夜節律
一天之中，人的氣血陰陽亦隨天地陰陽的影響，我們知道，日夜的變化在於地球隨太陽運動的自轉，形成了晝夜，以分為陰陽。面向太陽則為白天，陽氣生髮；背向太陽，則為夜晚，陽氣潛藏。人體的陽氣呈現陽光規律，人體的陽氣亦隨天地陽氣而變化。因此我們在養生、防病、治病過程中，要順應陽氣的特點，適陰陽而安居處。
《素問?生氣通天論》雲：「故陽氣者，一日而主外，平旦人氣生，日中陽氣隆，日西而陽氣已虛，氣門乃閉」。
晝夜：《素問·生氣通天論》雲：「故陽氣者，一日而主外，平旦人氣生，日中而陽氣隆，日西而陽氣已虛，氣門乃閉。是故暮而收拒，無擾筋骨，無見霧露，反此三時，形乃困薄。」
《靈樞·營衛生會》雲：「日中而陽隴為重陽，夜半而陰隴為重陰。故太陰主內，太陽主外，各行二十五度，分為晝夜。夜半為陰隴，夜半後而為陰衰，平旦陰盡而陽受氣矣。日中為陽隴，日西而陽衰，日入陽盡而陰受氣矣。夜半而大會，萬民皆臥，命曰合陰。平旦陰盡而陽受氣。如是無已，與天地同紀。」
《素問?金匱真言論》雲：「平旦至日中，天之陽，陽中之陽也；日中至黃昏，天之陽，陽中之陰也」，《靈樞?順氣一日分為四時》「朝則人氣始生，病氣衰，故旦慧；日中人氣長，長則勝邪，故安；夕則人氣始衰，邪氣始生，故加；夜半人氣入臟，邪氣獨居於身，故甚也。」日夜陰陽之氣變化不同，人亦應之，因而某些疾病，如陰虛的午後發熱，濕溫的身熱不揚而午後加重，脾腎陽虛之五更泄瀉等，也具有日夜的時相特徵，亦當考慮擇時治療。
在治法上強調「從陰陽則生，逆陰陽則死，法天則地，隨應而動」，「時必順之」，「熱無犯熱，寒無犯寒」等，都是時間醫學的具體體現。
《靈樞?順氣一日分為四時》雲：「夫百病者，多以旦慧晝安，夕加夜甚，何也？岐伯曰：四時之氣使然。黃帝曰：願聞四時之氣。岐伯曰：春生夏長，秋收冬藏，是氣之常也，人亦應之以一日分為四時，朝則為春，日中為夏，日入為秋，夜半為冬。朝則人氣始生，病氣衰，故旦慧；日中人氣長，長則勝邪，故安；夕則人氣始衰，邪氣始生，故加；夜半人氣入藏，邪氣獨居於身，故甚也。」
人體發生的疾病，有旦慧、午安、夕加、夜甚的特點，提示我們要預判疾病的發生髮展變化規律，提前採取措施，以治未病。
7.五運、六氣節律
古人以十天乾與十二地支相配甲子六十年，以五運五行為說理方法，探討天地人相互關係，發現了天六、地五的運行規律，以木火土金水統運，以三陰三陽統氣，運氣相合，形成五運六氣理論。廣義的五運六氣節律包括六氣大司天節律、六十甲子節律、歲節律、司天在泉節律、五運節律、六氣節律、初中節律等，狹義的單指五運節律、六氣節律。
五運節律實指一歲五季節律，只是起始點不同。五運份主運和客運，以分主一年五季的氣令不同變化，以角、徴、宮、商、羽分別建於木、火、土、金、水五運之上，根據五音之太、少，推主時五運的太過不及，表現自然氣化規律。
六氣節律是把把風、寒、暑、濕、燥、火六種氣令配以三陰三陽，分為六氣，以大寒日始為初之氣，順序為厥陰風木、少陰君火、少陽相火、太陰濕土、陽明燥金、太陽寒水，每氣各主60.875天。《素問·六微旨大論》雲：「所謂步者，六十度而有奇，故二十四步積盈百刻而成日也。」
六氣亦鳳主氣和客氣。主氣年年不變，歲歲不移。初之氣，厥陰風木；二之氣，少陰君火；三之氣，太陰濕土；四之氣，少陽相火；五之氣，陽明燥金；終之氣，太陽寒水。《素問?天元紀大論》雲：「厥陰之上，風氣主之；少陰之上，熱氣主之；太陰之上，濕氣主之；少陽之上，相火主之；陽明之上，燥氣主之；太陽之上，寒水主之。所謂本也，是謂六元。」《素問?六微旨大論》雲：「上下有位，左右有紀，故少陽之右，陽明治之；陽明之右，太陽治之；太陽之右，厥陰治之；厥陰之右，少陰治之；少陰之右，太陰治之；太陰之右，少陽治之。」
客氣隨年支的不同而變化，如客之往來，歲歲有變，反映三陰三陽之氣變化，以說明一年二十四節氣在不同年份、不同季節的特殊氣化。以三陰三陽變化規律，周而復始之周期性變化，按六步氣化排序：一陰厥陰風木，二陰少陰君火，三陰太陰濕土，一陽少陽相火，二陽陽明燥金，三陽太陽寒水。客氣六步的名稱：司天、在泉、左右二間氣。
六氣運行有確切的時間規律。《素問·六微旨大論》雲：「願聞其歲，六氣始終，早晏何如？岐伯曰：明乎哉問也！甲子之歲，初之氣，天數始於水下一刻，終於八十七刻半；二之氣，始於八十七刻六分，終於七十五刻；三之氣，始於七十六刻，終於六十二刻半；四之氣，始於六十二刻六分，終於五十刻；五之氣，始於五十一刻，終於三十七刻半；六之氣，始於三十七刻六分，終於二十五刻。所謂初六，天之數也。乙醜歲，初之氣，天數始於二十六刻，終於一十二刻半；二之氣，始於一十二刻六分，終於水下百刻；三之氣，始於一刻，終於八十七刻半；四之氣，始於八十七刻六分，終於七十五刻；五之氣，始於七十六刻，終於六十二刻半；六之氣，始於六十二刻六分，終於五十刻。所謂六二，天之數也。丙寅歲，初之氣，天數始於五十一刻，終於三十七刻半；二之氣，始於三十七刻六分，終於二十五刻；三之氣，始於二十六刻，終於一十二刻半；四之氣，始於一十二刻六分，終於水下百刻；五之氣，始於一刻，終於八十七刻半；六之氣，始於八十七刻六分，終於七十五刻。所謂六三，天之數也。丁卯歲，初之氣，天數始於七十六刻，終於六十二刻半；二之氣，始於六十二刻六分，終於五十刻；三之氣，始於五十一刻，終於三十七刻半；四之氣，始於三十七刻六分，終於二十五刻；五之氣，始於二十六刻，終於一十二刻半；六之氣，始於一十二刻六分，終於水下百刻。所謂六四，天之數也。次戊辰歲，初之氣，復始於一刻，常如是無已，周而復始。」
8.六氣大司天節律
《內經》運氣理論研究了60年甲子周期規律，後人將其擴大，形成了六氣大司天理論，它把運氣理論中逐歲變化的司天之氣擴大為60年為一變的大司天。
所謂六氣大司天，即將《內經》60年甲子周期擴大至整個宇宙時空以研究五運六氣，藉助天乾地支符號作為推演工具，以天乾紀年確定某一時間段的司天之氣和在泉之氣，以探討該時間段的運氣規律。陸懋修以60年為一氣，一氣為一元，分上中下三元，自黃帝八年起第一甲子下元，至今已歷經七十九甲子。自1984年至2043年，處於第七十九甲子下元，為厥陰風木司天，少陽相火在泉。
對元的記載在司馬遷《史記?天官書》，在論及金星運行狀況時有「其紀上元」之說。西漢劉歆在《三統曆》中提出「三統兩千三百六十三萬九千四十，而復於太極上元」。北宋哲學家邵雍作《皇極經世》以「元會經世」理論以研究整個人類歷史。受邵氏影響，明代汪機、王肯堂、張介賓等人將其觀點引入運氣理論，至清代王丙、陸懋修逐步發展形成了六氣大司天理論
邵雍曰：「元之元一，元之會十二，元之運三百六十，元之世四千三百二十。會之元十二，會之會一百四十四，會之運四千三百二十，會之世五萬一千八百四十。運之元三百六十，運之會四千三百二十，運之運一十二萬九千六百，運之世一百五十五萬五千二百。世之元四千三百二十，世之會五萬一千八百四十，世之運一百五十五萬五千二百，世之世一千八百六十六萬二千四百。」（《皇極經世·觀物篇之六十》）。邵雍的思想，對後世哲學家、思想家、醫學家都產生了影響。
明代醫家汪石山首次在運氣理論提到了元會運世。《運氣易覽·論五天五運之氣》雲：「一說自開闢來，五氣秉承元會運世，自有氣數，天地萬物所不能逃，近世當是土運，是以人無疾而亦痰，此與勝國時多熱不同……讀醫書五運六氣，南北二政，豈獨止於一年一時，而煩忘世運會元之統耶？」
王肯堂做「元會運世論」和「三元運氣論」，全面將邵雍理論引入運氣學說，並做「洛書三元九宮圖」，以易理闡述運氣之理。指出了天地陰陽之運氣，《內經》之所載或有未備，並以元會運世理論分析了金元四家之說之不同是因為同會而不同運所形成的，並提出研究運氣學說，要「先立其元，而後明其氣」的新觀點。
張介賓也非常重視元會運世理論。他在《類經圖翼》以邵雍《皇極經世》為依據，附「元會經世總數」。並指出：「如一歲之統十二月，一月之統三十日，一日之統十二時，一時之統三十分；故一元之統十二會，一會之統三十運，一運之統十二世，一世之統三十年，而天地氣運之道，蓋乎此矣。惟是數之為學，圓通萬變，大則彌綸宇宙，小則纖悉秋毫。」
明末清初醫家費啟泰（1590—1677年）闡發、擴大了大運、小運的概念。《救偏瑣言》雲：「天以陰陽而運六氣。運有大小，小則逐歲而更，大則六十年而易。」以六十年為運的基本部門，去探討更為廣泛的運氣規律是為大運。其在《救偏瑣言·治痘須知大運論》中說：「嘗稽東垣一以保脾為主，河間一以滋陰為重，子和一以滌盪為先，皆能表於世，總得挈領提綱，故得一本萬殊之妙。不則當年豈無歲氣而各取其一耶？至於痘症，有獨取於辛熱，有得意於寒涼，有扼要於保元，是亦治痘之明手，何不見有逐年之分別耶？要知大運之使然，非三氏之偏頗也。」費氏認為：「民病之應乎運氣，在大不在小……病而於大小俱和，無論矣。有於大運則和歲氣相違者，自從其大而略變其間也，此常理也。間有於小則和於大則違，更有於大運歲氣俱違者，偶爾之變，亦當因其變而變應之。」
清代名醫王丙（1733—1803年）則在《內經》基礎上，發展了運氣大司天理論。《傷寒論附余》雲：「愚常思之，《內經》雲：天以六為節，地以五為製，五六相合而七百二十氣凡三十歲而為一紀，千四百四十氣凡六十歲而為一周，不及太過斯可見矣。今宗斯訓，擴而大之，以三百六十年為一大運，六十年為一大氣，五運六氣迭乘，滿三千六百年為一大周。」
王丙的外甥陸懋修（1815—1887年）繼承了六氣大司天之學並予以發揚。陸氏作大司天三元甲子考，排列了自黃帝八年到淸同治三年的乾支紀年序列，按照六氣之序（厥陰、少陰、太陰、少陽、陽明、太陽），分別標記了各個甲子的司天、在泉之氣，並以此為依據，分析了歷代醫家的臨床用藥特點，明辨了醫家流派的形成與六氣大司天的關係。指出：「由是而知仲景之用青龍、白虎湯也，以其所值為風火也；守真辟朱肱用溫之誤，申明仲景用寒之治，為三已效方，三一承氣也，以其所值為燥火也；東垣以脾胃立論，專事昇陽者，以其所值為寒濕也；丹溪以知柏治腎，專事補陰者，以其所值又為燥火也。明乎此，而知古聖昔賢著書立說，都是補偏救弊之人。」因此，他強調「欲明前人治法之非偏，必先明六氣司天之為病。」
二、人體時間節律
1.人體生命時間節律
《內經》論述了人體生長壯老已的生命規律以及養生原則。
《素問·上古天真論篇》雲：「女子七歲，腎氣盛，齒更髮長。二七而天癸至，任脈通，太沖脈盛，月事以時下，故有子。三七，腎氣平均，故真牙生而長極。四七，筋骨堅，髮長極，身體盛壯。五七，陽明脈衰，面始焦，發始墮。六七，三陽脈衰於上，面皆焦，發始白。七七，任脈虛，太沖脈衰少，天癸竭，地道不通，故形壞而無子也。丈夫八歲，腎氣實，髮長齒更。二八，腎氣盛，天癸至，精氣溢瀉，陰陽和，故能有子。三八，腎氣平均，筋骨勁強，故真牙生而長極。四八，筋骨隆盛，肌肉滿壯。五八，腎氣衰，發墮齒槁。六八，陽氣衰竭於上，面焦，髮鬢頒白。七八，肝氣衰，筋不能動，天癸竭，精少，腎藏衰，形體皆極。八八，則齒髮去。 帝曰：有其年已老而有子者何也？歧伯曰：此其天壽過度，氣脈常通，而腎氣有餘也。此雖有子，男不過盡八八，女不過盡七七，而天地之精氣皆竭矣。帝曰：夫道者年皆百數，能有子乎？歧伯曰：夫道者能卻老而全形，身年雖壽，能生子也。」
《靈樞·天年》雲：「黃帝曰：人之壽百歲而死，何以致之？岐伯曰：使道隧以長，基牆高以方，通調營衛，三部三裡起骨高肉滿，百歲乃得終。 黃帝曰：其氣之盛衰，以至其死，可得聞乎？岐伯曰：人生十歲，五臟始定，血氣已通，其氣在下，故好走。二十歲，血氣始盛，肌肉方長，故好趨。三十歲，五臟大定，肌肉堅固，血脈盛滿，故好步。四十歲，五臟六腑十二經脈，皆大盛以平定，腠理始踈，榮華頹落，發頗斑白，平盛不搖，故好坐。五十歲，肝氣始衰，肝葉始薄，膽汁始滅，目始不明。六十歲，心氣始衰，苦憂悲，血氣懈惰，故好臥。七十歲，脾氣虛，皮膚枯。八十歲，肺氣衰，魄離，故言善誤。九十歲，腎氣焦，四臟經脈空虛。百歲，五臟皆虛，神氣皆去，形骸獨居而終矣。」
《素問·陰陽應象大論篇》雲：「能知七損八益，則二者可調，不知用此，則早衰之節也。年四十，而陰氣自半也，起居衰矣；年五十，體重，耳目不聰明矣；年六十，陰痿，氣大衰，九竅不利，下虛上實，涕泣俱出矣。故曰：知之則強，不知則老，故同出而名異耳。智者察同，愚者察異，愚者不足，智者有餘，有餘則耳目聰明，身體輕強，老者複壯，壯者益治。是以聖人為無為之事，樂恬惔之能，從欲快志於虛無之守，故壽命無窮，與天地終，此聖人之治身也。」
2.營衛氣血運行節律
《內經》對營衛氣血的生理病理規律論述非常透徹。
《靈樞·五十營》雲：「黃帝曰：余願聞五十營奈何？岐伯答曰：天周二十八宿，宿三十六分，人氣行一周，千八分。日行二十八宿，人經脈上下、左右、前後二十八脈，周身十六丈二尺，以應二十八宿，漏水下百刻，以分晝夜。故人一呼，脈再動，氣行三寸，一吸，脈亦再動，氣行三寸，呼吸定息，氣行六寸。十息氣行六尺，日行二分，二百七十息，氣行十六丈二尺，氣行交通於中，一周於身，下水二刻，日行二十五分，五百四十息，氣行再周於身，下水四刻，日行四十分，二千七百息，氣行十周於身，下水二十刻，日行五宿二十分，一萬三千五百息，氣行五十營於身，水下百刻，日行二十八宿，漏水皆盡，脈終矣。所謂交通者，並行一數也，故五十營備，得盡天地之壽矣，凡行八百一十丈也。」
《靈樞·營衛生會》雲：「衛氣行於陰二十五度，行於陽二十五度，分為晝夜，故氣至陽而起，至陰而止。故曰：日中而陽隴為重陽，夜半而陰隴為重陰。故太陰主內，太陽主外，各行二十五度，分為晝夜。夜半為陰隴，夜半後而為陰衰，平旦陰盡而陽受氣矣。日中為陽隴，日西而陽衰，日入陽盡而陰受氣矣。夜半而大會，萬民皆臥，命曰合陰。平旦陰盡而陽受氣，如是無已，與天地同紀。」
《靈樞·衛氣行》雲：「黃帝問於岐伯曰：願聞衛氣之行，出入之合，何如？岐伯曰：歲有十二月，日有十二辰，子午為經，卯酉為緯。天周二十八宿，而一面七星，四七二十八星，房昴為緯，虛張為經。是故房至畢為陽，昴至心為陰，陽主晝，陰主夜。故衛氣之行，一日一夜五十周於身，晝日行於陽二十五周，夜行於陰二十五周，周於五臟。是故平旦陰盡，陽氣出於目，目張則氣上於頭，循項下足太陽，循背下至小指之端。其散者，別於目銳眥，下手太陽，下至手小指之間外側。其散者，別於目銳眥，下足少陽，注小指次指之間。以上循手少陽之分，側下至小指之間。別者以上至耳前，合於頷脈，注足陽明，以上行至跗上，入五指之間。其散者，從耳下下手陽明，入大指之間，入掌中。其至於足也，入足心，出內踝下，行陰分，複合於目，故為一周。是故日行一舍，人氣行一周與十分身之八；日行二舍，人氣行二周於身與十分身之六；日行三舍，人氣行於身五周與十分身之四；日行四舍，人氣行於身七周與十分身之二；日行五舍，人氣行於身九周；日行六舍，人氣行於身十周與十分身之八；日行七舍，人氣行於身十二周在身與十分身之六；日行十四舍，人氣二十五周於身有奇分與十分身之二，陽盡於陰，陰受氣矣。其始入於陰，常從足少陰注於腎，腎注於心，心注於肺，肺注於肝，肝注於脾，脾復注於腎為周。是故夜行一舍，人氣行於陰臟一周與十分藏之八，亦如陽行之二十五周，而複合於目。陰陽一日一夜，合有奇分十分身之四，與十分藏之二，是故人之所以臥起之時有早晏者，奇分不盡故也。 黃帝曰：衛氣之在於身也，上下往來不以期，候氣而刺之奈何？伯高曰：分有多少，日有長短，春秋冬夏，各有分理，然後常以平旦為紀，以夜盡為始。是故一日一夜，水下百刻，二十五刻者，半日之度也，常如是毋已，日入而止，隨日之長短，各以為紀而刺之。謹候其時，病可與期，失時反候者，百病不治。故曰：刺實者，刺其來也；刺虛者，刺其去也。此言氣存亡之時，以候虛實而刺之。是故謹候氣之所在而刺之，是謂逢時。在於三陽，必候其氣在於陽而刺之；病在於三陰，必候其氣在陰分而刺之。水下一刻，人氣在太陽；水下二刻，人氣在少陽；水下三刻，人氣在陽明；水下四刻，人氣在陰分。水下五刻，人氣在太陽；水下六刻，人氣在少陽；水下七刻，人氣在陽明；水下八刻，人氣在陰分。水下九刻，人氣在太陽；水下十刻，人氣在少陽；水下十一刻，人氣在陽明；水下十二刻，人氣在陰分。水下十三刻，人氣在太陽；水下十四刻，人氣在少陽；水下十五刻，人氣在陽明；水下十六刻，人氣在陰分。水下十七刻，人氣在太陽；水下十八刻，人氣在少陽；水下十九刻，人氣在陽明；水下二十刻，人氣在陰分。水下二十一刻，人氣在太陽；水下二十二刻，人氣在少陽；水下二十三刻，人氣在陽明；水下二十四刻，人氣在陰分。水下二十五刻，人氣在太陽，此半日之度也。從房至畢一十四舍，水下五十刻，日行半度，回行一舍，水下三刻與七分刻之四。「大要」曰：常以日之加於宿上也，人氣在太陽。是故日行一舍，人氣行三陽行與陰分，常如是無已，天與地同紀，紛紛昐昐，終而復始，一日一夜，水下百刻而盡矣。」
《靈樞·根結》雲：「一日一夜五十營，以營五臟之精，不應數者，名曰狂生。所謂五十營者，五臟皆受氣。持其脈口，數其至也，五十動而不一代者，五臟皆受氣；四十動一代者，一臟無氣；三十動一代者，二臟無氣；二十動一代者，三臟無氣；十動一代者，四臟無氣；不滿十動一代者，五臟無氣。予之短期，要在終始。所謂五十動而不一代者，以為常也，以知五臟之期。予之短期者，乍數乍踈也。」
3.經絡補瀉節律
《內經》還制定了時間治療學的基本原則，如因時針刺補瀉等。《素問·痿論》雲：「各補其滎而通其俞，調其虛實，和其逆順，筋脈骨肉，各以其時受月，則病已矣。」
《難經?七十四難》雲：「經言，春刺井，夏刺滎，季夏刺俞，秋刺經，冬刺合者，何謂也？然。春刺井者，邪在肝；夏刺滎者，邪在心；季夏刺俞者，邪在脾；秋刺經者，邪在肺；冬刺合者，邪在腎。」
針灸中的「子午流注針法」即是後世根據不同時辰而有取經與取穴的特異性，是時間醫學的具體表現。
4.脈象節律
《內經》論述了人體生理、病理與天地陰陽脈象節律，所論甚多，簡要舉例說明。
《素問·脈要精微論篇》雲：「萬物之外，六合之內，天地之變，陰陽之應，彼春之暖，為夏之暑，彼秋之忿，為冬之怒，四變之動，脈與之上下，以春應中規，夏應中矩，秋應中衡，冬應中權。是故冬至四十五日，陽氣微上，陰氣微下；夏至四十五日，陰氣微上，陽氣微下。陰陽有時，與脈為期，期而相失，知脈所分，分之有期，故知死時。微妙在脈，不可不察，察之有紀，從陰陽始，始之有經，從五行生，生之有度，四時為宜，補瀉勿失，與天地如一，得一之情，以知死生。是故聲合五音，色合五行，脈合陰陽……是故持脈有道，虛靜為保。春日浮，如魚之遊在波；夏日在膚，泛泛乎萬物有餘；秋日下膚，蟄蟲將去；冬日在骨，蟄蟲周密，君子居室。故曰：知內者按而紀之，知外者終而始之。此六者，持脈之大法。」
《素問·玉機真藏論篇》雲：「黃帝問曰：春脈如弦，何如而弦？岐伯對曰：春脈者肝也，東方木也，萬物之所以始生也，故其氣來，軟弱輕虛而滑，端直以長，故曰弦，反此者病。帝曰：何如而反？岐伯曰：其氣來實而強，此謂太過，病在外；其氣來不實而微，此謂不及，病在中。帝曰：春脈太過與不及，其病皆何如？岐伯曰：太過則令人善忘，忽忽眩冒而巔疾；其不及，則令人胸痛引背，下則兩脅胠滿。帝曰：善。夏脈如鉤，何如而鉤？岐伯曰：夏脈者心也，南方火也，萬物之所以盛長也，故其氣來盛去衰，故曰鉤，反此者病。帝曰：何如而反？岐伯曰：其氣來盛去亦盛，此謂太過，病在外；其氣來不盛去反盛，此謂不及，病在中。帝曰：夏脈太過與不及，其病皆何如？岐伯曰：太過則令人身熱而膚痛，為浸淫；其不及則令人煩心，上見咳唾，下為氣泄。帝曰：善。秋脈如浮，何如而浮？岐伯曰：秋脈者肺也，西方金也，萬物之所以收成也，故其氣來，輕虛以浮，來急去散，故曰浮，反此者病。帝曰：何如而反？岐伯曰：其氣來，毛而中央堅，兩傍虛，此謂太過，病在外；其氣來，毛而微，此謂不及，病在中。帝曰：秋脈太過與不及，其病皆何如？岐伯曰：太過則令人逆氣而背痛，慍慍然；其不及則令人喘，呼吸少氣而咳，上氣見血，下聞病音。帝曰：善。冬脈如營，何如而營？岐伯曰：冬脈者腎也，北方水也，萬物之所以合藏也，故其氣來沉以搏，故曰營，反此者病。帝曰：何如而反？岐伯曰：其氣來如彈石者，此謂太過，病在外；其去如數者，此謂不及，病在中。帝曰：冬脈太過與不及，其病皆何如？岐伯曰：太過則令人解亦，脊脈痛而少氣，不欲言；其不及，則令人心懸如病飢，A2T9中清，脊中痛，少腹滿，小便變。」
《素問·宣明五氣篇》雲：「五邪所見：春得秋脈，夏得冬脈，長夏得春脈，秋得夏脈，冬得長夏脈，名曰陰出之陽，病善怒不治。是謂五邪，皆同命，死不治。」
《素問·平人天氣論篇》雲：「肝見庚辛死，心見壬癸死，脾見甲乙死，肺見丙丁死，腎見戊己死，是謂真藏見，皆死…… 脈有逆從四時，未有藏形，春夏而脈瘦，秋冬而脈浮大，命曰逆四時也。風熱而脈靜，泄而脫血，脈實，病在中，脈虛，病在外，脈澀堅者，皆難治，命曰反四時也。」
《內經》通過論述天地陰陽時間規律和人體生理、病理、疾病時間規律，指出了疾病的發生、緩解、傳變、加重、死亡時間規律，指導養生保健和臨床治療，因此研究中醫時間醫學是非常有必要的，因時辨證是天地人病時系統辨證理論體系中重要的環節，臨床應用可以簡單的掌握髮病時間、疾病加重時間、疾病傳變時間、了解病欲解時間，就可以明顯提高臨床療效，在此基礎上，可以進一步探討子午流注等臨床方法，深入開展中醫時間醫學研究。
三、《傷寒論》六經病欲解時
《傷寒論》是應用中醫時間醫學的典範，《傷寒論》治病用藥、診病防病均注重時間性，全書三百九十七條，與時相有關就有近百餘條。
「六經病欲解時」其實是三陰三陽病欲解時。有人指出：「仲景以『欲解時』標誌『六病』，讓我們從中窺得『三陰三陽』的本質就是邪氣中人深淺的階段標誌，即病位。此病位非指臟腑，非指經絡，但與之均有關。」那是什麼呢？就是藏於六經中三陰三陽六氣。
我們來看三陰三陽欲解時：
「太陽，病欲解時，從巳至未上」，是早上9點至下午3點，包括巳午未三個時辰，這是一天太陽最盛的時間，陽氣最隆。
「陽明，病欲解時，從申至戌上」，是下午15點至晚上21點，此時陽氣漸衰，陰氣漸生，包括申、酉、戌三個時辰。
「少陽，病欲解時，從寅至辰時」，是凌晨3點至上午9點，此時陰陽交接，陽氣生髮，包括寅、卯、辰三個時辰。
「太陰，病欲解時，從亥至醜時」，是夜21時至凌晨3時，此時陰氣最盛，包括亥、子、醜三個時辰。
「少陰，病欲解時，從子至寅時」，是夜半23點至早晨5點，此時陰氣較盛，陽氣漸生，包括子、醜、寅三個時辰。
「厥陰，病欲解時，從醜至卯時」，是凌晨1點至上午7點，此時陰氣漸衰，陽氣漸生，包括醜、寅、卯三個時辰。
《素問·生氣通天論》雲：「故陽氣者，一日而主外。平旦人氣生，日中陽氣隆，日西而陽氣已虛，氣門乃閉」。可見仲景對三陰三陽的認識，是基於陰陽氣之多少而順《內經》之意的。《傷寒論》三陰三陽之本質即在於此，有其深層的物質基礎，是人體內的六氣，也是仲景在《傷寒論》中重視陰氣、陽氣的原因。但此陽氣的順應關係是一天之中氣象的陰陽氣之盛衰與人之三陰三陽之相應，而非六氣氣化學說中天之三陰三陽的氣化運行變化規律。對此，應有正確的認識。如《素問·金匱真言論》雲：「平旦至日中，天之陽，陽中之陽也；日中至黃昏，天之陽，陽中之陰也；合夜至雞鳴，天之陰，陰中之陰也；雞鳴之平旦，天之陰，陰中之陽也，故人亦應之。」
可見，陽之所主是白天，陰之所主是夜間。屬於陽的三經欲解時是從寅至戌。陽經欲解時間較長，陰經欲解時間較短。各經皆解於所旺之時，而少陰獨解於陽生之時，此乃天人感應之理，陽進則陰退，陽長則陰消。正所謂陰得陽則解之意。如328條「厥陰病，欲解時，從醜至卯上」，凡癥狀主要在這個時段出現的病，均可從厥陰病論治。
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