2月2日，bioRxiv科學網聯合創始人理查德·塞弗在個人推特上發文：《2019-nCoV刺突蛋白中獨有插入片段與HIV-1 複製蛋白gp120和Gag驚人相似》（下文簡稱《驚人相似》）一文作者自願撤回預印本。預印本作者表示：“我們無意為陰謀論添枝加葉……感謝批評……（我們）將帶著修訂後的版本回來。”
1月31日，印度理工學院德裡分校的研究人員在生物預印本 BioRxiv 發表題為《驚人相似》（Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag）的文章。
BioRxiv由非營利的研究與教育機構冷泉港實驗室在2013年發起並運營，論文不需要同行評審，只要通過了攻擊性/或非科學性、剽竊抄襲等基本篩查即可發表。
上述論文作者稱，所有的4個插入片段中的氨基酸殘基均與人類免疫缺陷病毒1型（HIV-1）的複製蛋白 gp120 或 Gag 中的氨基酸殘基具有相同性或相似性。HIV-1是導致人類艾滋病的主要病毒。
儘管插入片段在一級氨基酸序列上是不連續的，但該論文作者做了一個簡單的3D分子模擬，發現這些插入序列都在蛋白結合部位，並在論文結論部分強調“這在自然界不太可能是偶然的。”
論文一出，馬上引起公眾的“陰謀論”猜測和科學界“反陰謀論”的批判。
“幾位在美國的華人病毒學家按那個文章做了分析，發現原來作者的工作有很多錯誤，結論是不對的。”美國馬薩諸塞大學醫學院教授、國際學術期刊《新發病原體與感染》主編盧山給《中國新聞周刊》的郵件回復中寫道。
“他那種所謂的相似性根本就站不住腳。”清華大學醫學院教授、全球健康與傳染病研究中心主任張林琦解釋說，在人體內，20多種氨基酸的排列和組合就構成了每個人不同氨基酸序列和結構，相似序列越長，說明同一個來源的可能性就越大，但如果只有三四個、四五個氨基酸很像，根本說明不了是同一來源。生物在進化過程中都有一定的同源性。
浙江大學生命科學研究院教授王立銘在個人微博上打比方解釋，這就像有人驚呼“你居然和去年那個殺人犯長的一樣，你看你們都有兩隻耳朵！你一定是那個殺人犯的孿生哥哥！”但問題是“全體人類都有兩隻耳朵”。
俄亥俄州立大學病毒與新發病原學中心主任劉善慮在接受《知識分子》採訪時指出，從科學和病毒進化的角度來看，冠狀病毒和屬於逆轉錄病毒的艾滋病毒差別很大，發生基因間重組的可能性不大，因為同源性太差。HIV的傳染途徑和新冠病毒完全不同，新冠病毒的這幾個插入突變也不能使其獲得感染T細胞的能力。
一些醫生建議使用抗HIV病毒的藥物洛匹那韋和利托那韋是基於其蛋白酶抑製活性。利用蛋白酶加工衣殼蛋白是RNA病毒普遍共性，並非HIV獨有，此前在非典時期，香港也曾使用這兩個藥進行臨床試驗。
基於這篇論文，各種陰謀論喧囂塵上，有人在臉書和推特上甚至發文稱新冠病毒是武漢的“P4實驗室泄漏事故造成”。對此，中國科學院武漢病毒研究所新發傳染病研究中心主任石正麗在她的微信朋友圈回應道：“歡迎轉發：2019新型冠狀病毒是大自然給人類不文明生活習慣的懲罰，我石正麗用我的生命擔保，與實驗室沒有關係。奉勸那些相信並傳播不良媒體的謠傳的人，相信印度學者不靠譜的所謂‘學術分析’的人，閉上你們的臭嘴。“
“這是非常荒謬的推測。”張林琦對《中國新聞周刊》說。“我們有點高估了自己的想象力或者創造力，而低估了看上去所謂特別簡單的生物體。”張林琦強調，以過往實驗為例，科學家把病毒遺傳工程改造成之後，再把這個病毒用到猴子身上做實驗，這時會驚奇地發現，病毒自己恢復到了原來的最佳狀態。
病毒看上去好像是所謂低級生物，也都是經歷了百萬年、上千萬年進化才得以在地球上佔據一席之地，“想（人為）改變一個物種是非常困難的，我們做生命科學做了這麽多，你會發現任何一個物種在這個世界上、在現階段都有它存在的道理。”張林琦最後說。
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