中國首個結直腸癌NGS多中心結果發表

近期，歐洲病理協會旗下的核心期刊在線發表了一項由四川大學華西醫院病理研究室步巨集教授牽頭，包括北京協和醫院、中國人民解放軍總醫院、復旦大學附屬腫瘤醫院、復旦大學附屬中山醫院、華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院、空軍軍醫大學西京醫院等在內的國內多家參與的腫瘤NGS多中心研究。該項研究在FFPE標準參考品、中國結直腸癌臨床FFPE樣本中，對鵾遠基因自主研發的基於擴增子的OncoAim腫瘤組織樣本NGS檢測Panel（試劑盒）進行了嚴格的性能驗證，並對648例中國結直腸癌患者的突變圖譜進行了繪製。

該項研究是第一個在中國大型病理多中心中嚴格驗證了NGS Panel在結直腸癌FFPE樣本檢測常規實踐的可行性、準確性和實用性的研究，同時該項研究也在FFPE大樣本中繪製出了中國結直腸癌患者的突變圖譜。

該項研究顯示：

（1）當中位覆蓋深度≥500×時，5%≤MAF<10%的SNVs的敏感性為95–100%；當中位覆蓋深度為500×時，所有MAFs≥10%的SNVs的敏感性為100%；在中位覆蓋深度為250×時，INDELs檢測的敏感性為100%；

（2）NGS與ARMS-PCR的一致性為94.88%（204/215）；在516例KRAS突變狀態明確的樣本中，NGS檢測產生了3個FNs，但沒有FPs；

（3）對665例中國結直腸癌樣本的基因變異圖譜分析顯示，63.3%（421/665）的樣本具有至少1個臨床相關的「Actionable Alteration」；不僅檢測出了TP53（52.82%）、KRAS（46.68%）、APC（24.09%）、PIK3CA（18.94%）、SMAD4（9.47%）、BRAF（6.15%）、FBXW7（5.32%）、NRAS（4.15%）這樣常見的突變基因，也檢測到了其它不常見的突變基因；BRAF基因與PIK3CA基因突變在右半CRC中更為常見 (p<0.001、p=0.002)。

該項研究證實，鵾遠基因OncoAim Panel在中國結直腸癌FFPE樣本的常規檢測方面符合臨床實踐，具有良好的臨床檢測可行性、準確性及實用性；該項研究成果也有助力於中國結直腸癌患者的診斷、預後評估及管理。

在此項研究中，研究人員首先使用了已知變異的FFPE標準參考品來對NGS檢測性能進行了驗證。

1. 在特異性方面：在MAF<5%時，出現了一些FPs（False Positives，假陽性），主要是由DNA脫氨基而引起的C:G>T:A變異（70.3%）；隨著中位覆蓋深度的增加，FPs也在增加；在MAF≥5%時，SNVs與INDELs的PPV（Positive Predictive Value，陽性預測值）均為100%。

2 .在敏感性方面：當中位覆蓋深度下降時，敏感性也在下降；當中位覆蓋深度≥500×時，5%≤MAF<10%的SNVs的敏感性為95–100%；在中位覆蓋深度為500×時，所有MAFs≥10%的SNVs均被檢測到；在中位覆蓋深度為250×時，INDELs檢測的敏感性為100%。

3. 在準確性方面：SNVs和INDELs的預期MAFs與觀察到的MAFs之間的Pearson相關係數分別為0.99和0.83。

4. 在可重複性和再現性方面：3個已知SNVs與 INDELs的FFPE樣本，每一個檢測到變異的MAF均與預期相似，一致性為100%。

接著，研究人員使用了10家醫院的715名結直腸癌患者的728例臨床FFPE樣本進行NGS檢測性能的驗證，其中725例FFPE樣本具有足夠的DNA進行NGS檢測。手術切除標本與內鏡活檢標本之間體細胞突變的一致性研究顯示，一致率為89.5%。在對535例FFPE樣本進行的NGS與ARMS-PCR、Sanger的雙盲對比研究結果顯示，NGS與ARMS-PCR的一致性為94.88%（204/215）；在11例不一致的樣本中，Sanger測序的結果支持了NGS的4例樣本結果，3例NGS的FNs（False Negatives，假陰性）是由於低MAF（2–5%）所造成的。在516例KRAS突變狀態明確的樣本中，NGS檢測僅產生了3個FNs，沒有FPs；顯示出鵾遠基因OncoAim Panel具備良好的臨床檢測準確性。

此外，對665例中國結直腸癌樣本的基因變異圖譜分析顯示，63.3%（421/665）的樣本具有至少1個臨床相關的「Actionable Alteration」；除了TP53（52.82%）、KRAS（46.68%）、APC（24.09%）、PIK3CA（18.94%）、SMAD4（9.47%）、BRAF（6.15%）、FBXW7（5.32%）、NRAS（4.15%）這樣常見的突變基因，也檢測到了其它不太常見的突變基因。BRAF基因與PIK3CA基因突變在右半CRC中更為常見 (p<0.001、p=0.002)。由此可見，這一靶向NGS檢測是符合臨床實踐的，有助於我們對於中國結直腸癌患者的臨床診斷與預後評估。

最後，在該研究中所使用的Panel是鵾遠基因OncoAim DNA Panel，所需的DNA Input量更低，10–50ng即可完成檢測；該Panel包含59個癌症相關基因的6000多個熱點突變（SNVs、INDELs）；對於體細胞變異檢測，還兼具最優化的生物資訊學分析流程，確保了結果的準確。

文章的發表，是對中國首個腫瘤NGS多中心研究成果肯定；更是NGS技術在中國病理實踐的客觀反映；同時鵾遠基因OncoAim DNA Panel 性能優勢也得到了充分體現。

鵾遠基因針對結直腸癌推出的「OncoAim腫瘤突變與藥物代謝檢測」, 「OncoAim結直腸癌靶向基因檢測」及「Lynch綜合征基因檢測」，顯示了優良的產品性能，具有良好的臨床檢測可行性、準確性及實用性，全面覆蓋並精準定位結直腸癌的高頻突變基因及Lynch綜合征的致病基因，滿足臨床診療需求，助力中國結直腸癌患者的診斷、預後評估及管理。

參考資料：

1.Wang Y,Liu H, Hou Y, Zhou X, Liang L, Zhang Z, Shi H, Xu S, Hu P, Zheng Z, Liu R, TangT, Ye F, Liang Z, Bu H. Performance validation of an amplicon-based targetednext-generation sequencing assay and mutation profiling of 648 Chinesecolorectal cancer patients. Virchows Arch. 2018 Apr 28. doi:10.1007/s00428-018-2359-4. PMID:29705968.

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