在新三板個人股權轉讓征稅問題明晰後，市場過往原始股交易是否需要補繳稅款又引來爭議。
12月7日，財政部、稅務總局、證監會三部委聯合發布《關於個人轉讓全國中小企業股份轉讓系統掛牌公司股票有關個人所得稅政策的通知》（財稅〔2018〕137號，下文稱137號文），將長期困擾新三板的個人股權轉讓稅收問題進行了明晰。
根據137號文，對個人轉讓新三板掛牌公司非原始股取得的所得，將暫免徵收個人所得稅。
非原始股是指個人在新三板掛牌公司掛牌後取得的股票，以及由上述股票孳生的送、轉股。安信證券新三板研究負責人諸海濱認為，檔案的下發有助於實現征稅的統一管理，明確市場分歧。同時，將新三板從“股權”市場的定位提高至上市公司“股票”市場定位，進一步明確新三板交易場所的地位。但一波雖已平，一波卻再起。
137號文明確在免征新三板非原始股所得稅的同時，也將市場個人股權分割為了原始股和非原始股兩類。並對個人轉讓新三板掛牌公司原始股取得的所得，按照“財產轉讓所得”，適用20%的比例稅率徵收個人所得稅。
這一內容又再次引來新三板繳稅爭議。首先，137號文規定：2019年9月1日之前，個人轉讓新三板掛牌公司原始股的個人所得稅，徵收管理辦法按照現行股權轉讓所得有關規定執行，以股票受讓方為扣繳義務人，由被投資企業所在地稅務機構負責徵收管理。
自2019年9月1日（含）起，個人轉讓新三板掛牌公司原始股的個人所得稅，以股票託管的證券機構為扣繳義務人，由股票託管的證券機構所在地主管稅務機構負責徵收管理。
北京南北天地科技股份有限公司(430066)董秘崔彥軍向界面新聞表示，“以股票受讓方為扣繳義務人”，由於扣繳義務人的受讓方隻取得股票，難以扣繳賣方的稅款。尤其是大多不知道交易對手是誰，可能無法聯繫賣方，所以實際操作有難度。
“那麽，在2019年9月1日前，必然進一步限制了新三板交易的活躍度，因為誰還敢買，買了股票還得去尋找賣方去要稅錢。否則就是沒有盡到扣繳義務。”崔彥軍稱。
“這也是我對新規不理解的地方”，北京地區一新三板投資者表示，目前原始股轉讓可以通過二級市場競價、盤後大宗交易及非交易過戶。其中非交易過戶約束門檻太多，不具有普適性，通過二級市場競價交易原始股“無法證明交易的就是原始股，也許莫名就交了稅”。
不過好在明年9月1日後，就可以交由股票託管的證券機構進行系統扣稅。
“在二級市場肯定不知道是原始股還是非原始股，不過這一制度整體影響不會很大，一般原始股交易量會比較大，更多從盤後大宗的形式，可以錨定交易對手方。”聯訊證券研究院新三板首席分析師彭海表示。
彭海解釋稱，之所以設定了9月1日的過渡期，是因為個人所得稅法第八條規定，個人所得稅以所得人為納稅義務人，以支付所得的部門或者個人為扣繳義務人。對於股權轉讓來說，即以受讓人為扣繳義務人，新規沿用了這一內容。加之9月1號是財政部設定的時間點，很多新稅收執行都是從9月1日開始的，繳稅系統導致了這一時間點的確定。
而另一個爭論點則在於此次規定的原始股轉讓20%個人所得稅是否要溯及既往，是否要因過去的原始股交易補繳稅款和滯納金。
昨日國常會上提出的創投稅內容中就寫明“不溯及既往”，137號文中卻沒有相關規定。
“未來交由股票託管機構來待收稅，以往的交易也都在系統上登記得很清楚，但我對自己買到的股票是否是原始股不明晰。也許以往在二級市場競價交易了原始股卻不自知，不僅要補繳滯納金，還會被扣上偷稅漏稅的帽子”，上述新三板投資人表示困惑。
就此問題，界面新聞記者也與北京稅務局進行了溝通，對方表示，轉讓原始股之前也需交個人所得稅，之前如果沒有申報就要繳納滯納金。
稅務局相關人員表示，根據2014年發布的《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》內容：個人轉讓股權，以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用後的餘額為應納稅所得額，按“財產轉讓所得”繳納個人所得稅。
對此，投資人也有異議，認為《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》同樣寫明：“個人在上海證券交易所、深圳證券交易所轉讓從上市公司公開發行和轉讓市場取得的上市公司股票，轉讓限售股，以及其他有特別規定的股權轉讓，不適用本辦法。”
“新三板應可以參照A股市場規則，新規也應明確以往繳稅義務不明確時的部分”。上述投資人表示。
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