在戰與和之間，康熙用了二十二年收復台灣

清政府逐步穩定在全國的統治後，明鄭勢力成為清朝統治者越來越關注的問題。和順治堅持以和平方式解決明鄭問題的策略不同，在順治去世後，新統治集團對招撫鄭成功已不再抱有任何幻想，決定改以武力解決。順治十八年末，早已投降清朝並在北京軟禁十五年的鄭成功的父親鄭芝龍被處死。

次年，也就是康熙元年（1662）五月，鄭成功在台灣病逝，明鄭在內亂中進入鄭經時代，清政府因征伐台灣不易，和議又起。雙方在是否剃髮、可否依「朝鮮例」上再次陷入僵局，隨著鄭經平定內亂，遂無下文。

清政府採用和談作為主要策略，很大原因是軍事實力尤其是水師戰力不足。在多年招撫下，鄭氏雖不肯歸附，歸誠的鄭氏官兵卻日漸增多。康熙元年，清政府在江浙閩粵分設滿漢兵戶郎中一員負責招撫，鄭經親屬鄭纘緒、心腹周崔芝之子周家政、副統領何義、忠明伯周全斌、威遠將軍翁求多、永安侯黃廷等人紛紛率領所部官兵家屬投歸。

康熙元年至康熙三年間，「投誠文武官員3,985人，食糧兵40,962名，歸農官弁兵民64,230名，眷屬人役6,3000餘名，大小船隻900餘艘」。這些人員與船隻的歸降不僅削弱了明鄭實力，也讓清軍水師迅速成長起來。

康熙二年，鄭經擒殺叔父鄭泰，內亂再起。荷蘭人也試圖再次奪取台灣，他們遣使入貢清政府，請助師討台灣。而清政府既有討伐鄭氏的初衷，又因自身海軍實力不濟無法單獨攻下台灣，遂決定與荷蘭人共同進攻明鄭政權。

康熙二年十月，清朝靖南王耿繼茂、李率泰及水師提督率清荷聯軍攻擊明鄭。雖然清軍取得金門、廈門兩島，但過程並不順利。明鄭始終佔據上風，全因清軍買通思明州守將陳昇等人局勢才逆轉，鄭經不得不退守銅山（今福建東山島）。康熙三年（1664）正月，明鄭再次發生大規模叛逃，清軍幾乎肅清東南海域島嶼，鄭經隻餘退守台灣一條路。

清廷對是否繼續征討明鄭意見不一，金廈之戰已經暴露清軍水師不及鄭氏善戰，李率泰認為雖金、廈已破但「窮寇勿追」，不如「四處招降，以散其黨羽。倘技窮受撫，亦免士卒勞苦；如再頑抗，移師未遲」。但明鄭降清將領施琅、黃梧堅持繼續追擊。七月，清政府授施琅靜海將軍銜，命其伐鄭。

康熙四年四月，施琅數次出兵進攻澎湖，卻因颶風不克西還。消息傳至北京後，清政府疑心明鄭降將並非真心效忠，加之反對用兵台灣的主和派漸佔上風，於是對施琅等人征討台灣的聲音不再理會，回到封禁、招撫的老路。

康熙七年（1668），因明鄭勢力已經完全退守台灣，整個東南沿海幾乎被清朝所掌控，清政府裁撤福建水師提督，主攻派施琅被授予內大臣一職，改置總兵鎮守海澄（今福建龍海），並焚燒沿海水師戰船，將明鄭降兵遣入各省屯墾。

康熙八年，康熙帝繼續招撫路線，派遣兵部尚書明珠、侍郎蔡毓榮到泉州主持議和之事。雙方在台灣的政治定位議題上無法突破僵局，和議再次破裂，兩岸維持對峙的局面，直到清朝三藩內亂。

康熙十二年（1673），清廷下令撤藩，平西王吳三桂遂發動叛亂，提出「興明討虜」，各地紛紛響應。靖南王耿精忠叛於福建，平南王尚之信叛於廣東。地方督撫相繼反叛，孫延齡叛於廣西，羅森、鄭蛟麟、吳之茂叛於四川，王輔臣又叛於寧羌，戰火席捲半個中國。鄭經乘機渡海進兵福建漳州、泉州和廣東潮州，形勢好像一度對鄭經有利。

自康熙十三年起，鄭經勢力滲入東南一帶，極盛時擁有閩粵沿海五府之地。然而好景不長，兩年後，王輔臣、耿精忠相繼降清，鄭經在對清作戰上也盡顯頹勢，再次退敗廈門。

負責平定東南地區的康親王傑書考慮到清軍水師戰力不足，派人到廈門與鄭經議和。因沒有解決台灣的政治定位問題議和不成，康親王準備使用武力剿滅明鄭。

意外的是，當康熙得知此事後，卻決定放棄武力攻台，反而對明鄭勢力做出極大讓步，在清朝之後和鄭經的溝通中，已然同意明鄭可以藩屬國的地位存在，且以通商貿易來彌補海島之困。

在接下來的兩年中，清政府還多次允諾明鄭只要釋甲東歸，海島歸還清政府，則可不削髮，以澎湖為界，通商貿易，並「照依朝鮮事例，代為題請，永為世好，作屏藩重臣」。

康熙本以為滿足明鄭一直堅持的依「朝鮮例」就能收穫和平，孰料明鄭仍以種種藉口，如堅持不歸還明鄭佔據的海澄，和議始終不成。當康熙認為明鄭不願被納入朝貢體系後，舉兵伐之也就成為預料中的戰略選擇。

隨著清軍在東南沿海軍事行動的勝利，清政府征台之議再起。被康熙重用的福建總督姚啟聖在清軍攻取金門及廈門之後，即奏請康熙，由他統兵進征澎、台。他寫道：「鄭經不滅，則廣東、浙江、福建山海之寇終難殄絕。臣願親督水師進取台灣。」

然而不同的聲音也漸起。大學士明珠於康熙十九年（1680）奏稱：「閩疆新定，逋逃殘寇，姑徐俟其歸命，再若梗化，進剿未晚。」福建水師提督萬正色也反對武力進取，他認為「澎湖遠懸外洋，且港口迫狹」，對明鄭應「徐行招納，必自歸誠」。萬正色的意見得到了兵部侍郎溫代、刑部尚書介山等人的支持，康熙決定沿用招撫的方法。

康熙二十年，情勢對清朝極為有利。這年三藩之亂被平定，而鄭經去世致明鄭內部奪權內亂，馮錫范擁鄭經次子、鄭成功之孫鄭克塽繼位，長幼失序讓台灣民心離散，棄鄭投清的官兵越來越多。清朝內閣大學士李光地等人認為這是攻台的大好時機，宜「剪除根株」，康熙由此下定決心徹底剿滅明鄭勢力。

這年六月，康熙傳旨要各方「同心合志」，「底定海疆」。此時清政府內部仍有相當一部分官員認為明鄭對清朝已構不成威脅，可棄台灣於不顧。萬正色上疏《三難六不可疏》，堅持「台灣難攻且不必攻」；大學士馮溥退休回籍時還上疏康熙稱「台灣不宜征剿」。

已經解除了後顧之憂的康熙對這些聲音統統不予理會，他將反對武力攻台的萬正色改任陸路提督，重新啟用施琅為福建水師提督，規取台灣。康熙二十一年授權施琅「相機自行進剿」，命姚啟聖等同心協力，不得有誤。

康熙二十二年（1683）六月，清軍在施琅率領下取得了澎湖之戰的全面勝利。在台灣屏障被破後，鄭克塽差人與施琅議和，康熙趁機對明鄭發佈諭旨，指出雙方長期處於對峙狀態「以致沿海地區，裡閈不寧，時遭兵燹之厄」，這種狀態應盡早結束。今已克澎湖，台灣「指日蕩平」，希望鄭克塽能「審圖順逆，善計保全」，如他歸降，清政府不僅既往不咎，還「從優敘錄，加恩安插」。

這道諭旨對和平解決台灣問題至關重要。在經過月餘的爭論後，最終，明鄭選擇投降清朝。七月初五，馮錫范命鄭德瀟寫降表。七月十五，馮錫范將鄭克塽送交施琅，並提出「三不傷」請求，即清軍入島「不傷鄭室一人，不傷百官將士一人，不傷台灣黎庶一個」。八月十三，施琅進入台灣受降，康熙收復台灣，統一中國。