馬化龍投降後依舊妄為，終被左宗棠所殺

同治時期，清政府面對內憂外患，南有太平天國，北有撚軍，外有英法聯軍，新疆也被中亞的阿古柏入侵。陝西的回匪趁亂而起，回匪大肆屠殺漢人，馬化龍在寧夏金積堡舉兵，殺死了寧夏道台侯雲登、知府呂際韶、知縣趙長庚等人，隨後在城中搶劫屠殺而去。同治二年（1863年）10月，馬化龍率領回匪進攻靈州城，城內居民頑強抵抗，但因為城內有馬化龍的內應，最終被攻陷，馬化龍進城後屠殺二萬餘人。

馬化龍是中國歷史上有名的伊斯蘭教教徒，也是回匪的領袖，在哲合忍耶內排第五輩，在哲合忍耶被稱為十三太爺。他有眾多稱號，如穆罕默德·艾依乃瑪和阿倆毛倆乎等。他本人在回民和伊斯蘭教中都有著十分崇高的地位。所以在寧夏回民的民變中馬化龍才會成為這一運動的領導者，也正是馬化龍組織了這一農民運動，才會發生馬化龍凌遲處死的悲慘結局。在他的帶領下，回匪進行了大量屠殺。清政府一直對其打壓，但前期主要是安撫為主。清政府的退讓與安撫並沒有讓這些回匪放下屠刀，反而越來越放肆，清政府於是派大軍前往鎮壓。回匪聲勢浩大，在渭南擊敗了清軍，隨後又擊敗了欽差大臣勝保的軍隊，清廷於是改派多隆阿為主帥，購置洋槍、大炮。多隆阿攻破陝西的回匪，迫使其退往甘肅，同治三年（1864年）4月，多隆阿攻佔周至，進城時被流彈擊中，後因傷勢過重去世。

馬化龍在清軍的攻打下，於同治五年（1866年）投降，並改名馬朝清以示忠於清朝，馬化龍雖然投降，但仍然做傷天害理之事，而且援助其他回匪，清廷因其在回匪中的聲望，決心除掉他。同治六年（1867年）清廷命左宗棠為欽差大臣督辦陝甘軍務，左宗棠率12萬湘軍入陝，動用南方12省的稅銀，再向英法貸款120萬，購置洋槍大炮鎮壓回匪。

同治八年（1869年）左宗棠令劉松山進攻金積堡，面對清軍逼近馬化龍反叛，九月，馬化龍部在靈州屠殺漢民十餘萬，搶劫其財物及婦女，同治九年（1870年）劉松山在甘肅安定戰鬥中不幸亡故，隨後左宗棠以他的侄子劉錦棠統帥其部，繼續攻打馬化龍，馬化龍在彈盡糧絕時再度投降，清軍在其堡壘內搜到一千二百餘支俄製槍。

同治十年（1871年）正月十三，馬化龍與其子被凌遲處死。