世衛組織召集的SARS-CoV-2全球溯源研究：中國部分
世衛組織-中國聯合研究報告：摘要報告
2021年1-2月
2020年5月，第七十三屆世界衛生大會要求世界衛生組織總乾事與合作夥伴一起查明引發COVID-19疫情的SARS-CoV-2病毒的人畜共患來源及其傳播給人的途徑，包括中間宿主可能發揮的作用。其目的是預防動物和人類再次被該病毒感染，避免形成新的人畜共患貯主，以及進一步降低人畜共患疾病出現和傳播的風險。
2020年7月，世衛組織和中國著手開展病毒溯源研究的基礎工作。商定的工作任務界定了研究範圍、主要指導原則和主要預期成果。工作任務包括初期的短期研究，旨在更好地了解病毒如何引入並開始在武漢市傳播。世衛組織秘書處和中國政府共同成立了一個國際多學科團隊，設計、支持和開展一系列研究，以協助追蹤SARS-CoV-2的來源及其傳播給人類的途徑。聯合國際團隊的工作將為其他地區的溯源工作奠定基礎。因此，全球溯源工作將不受任何地點的限制，隨著證據不斷積累和科學假說的不斷發展，全球溯源工作可能會在地域上發生變化。研究總體結果和發現將有利於加強全球對SARS-CoV-2及有類似來源的新發人畜共患病的防範和應對。
聯合國際研究團隊由17名中方專家和17名來自於其他國家、世界衛生組織、全球疫情預警和反應網絡（GOARN）以及世界動物衛生組織（OIE）的國際專家組成。聯合國糧食及農業組織（FAO）作為觀察員參與本次溯源工作。在舉辦幾次線上視頻會議後，聯合研究於2021年1月14日至2月10日在中國武漢進行，為期28天。研究團隊通過三個工作小組對中國專家第一階段在以下三個領域的工作進展進行了回顧：流行病學，動物與環境，分子流行病學和生物信息學。在討論過程中，國際團隊對使用的方法和獲得的數據有了更深入的了解，並討論了更多的問題，體現出對於如此複雜的研究需要相互交流才能完善分析工作。
除工作小組之外，國際團隊還聽取了相關議題的詳細介紹，以便為其工作提供更多信息，並開展了一系列現場考察和關鍵知情人訪談。
聯合研究的結果
流行病學
通過發病監測數據的早期溯源工作
流感樣疾病（ILI）和嚴重急性呼吸道疾病（SARI）監測並結合適當的實驗室確認，是衡量流感和其他呼吸道病毒對人群影響的標準措施。為了確定COVID-19致病原在COVID-19暴發前幾個月對以上兩種疾病發病率可能產生的影響，我們對武漢某醫院ILI的成人哨點監測數據和湖北省某省級醫院SARI監測數據進行了回顧。
根據武漢以及湖北和周邊六省的國家ILI哨點監測數據和相關實驗室確認的流感活動情況，2019年底，武漢以及湖北其他城市和周邊六省的兒童和成人ILI均明顯增加。雖然這可能是由於實驗室確認的流感活動同時增加所致，但聯合小組建議利用時間序列分析進一步探索2019年與往年相比較的每周ILI趨勢。
對零售藥店購買的退熱藥、感冒藥和咳嗽藥的分析並不能提示早期在社區內有SARS-CoV-2活動。聯合小組建議對2016年、2017年、2018年和2019年9月至12月期間的每周藥房採購進行回顧，以尋找2019年9月至12月期間有無與往年同期相比採購增加的信號。如果識別出任何信號，則建議繼續對時空簇進行分析。
通過保存的實驗室樣本和其他資源的早期溯源工作
在對武漢市、湖北省其他地區及其他省份各醫院保存的2019年下半年的4500余份的研究項目樣本進行回顧性檢測時，未發現SARS-CoV-2。
此項工作可以擴大到中國以及世界其他地區的其他血液中心，時間集中在當地發現首例病例前6個月內，最好使用系統設計好的隨機選擇樣本及相同的實驗室檢測方法。可用2020年最初幾個月之前未發現COVID-19病例的中國其他地區的同期獻血人群的樣本作為對照組。
通過死亡率研究的早期溯源工作
2019年7-12月期間，武漢市和湖北省除武漢外的全死因和肺炎死亡監測數據未見死亡趨勢出現意外波動的證據，不能提示2019年12月前發生了SARS-CoV-2在人群中的傳播。儘管如此，並不能排除SARS-CoV-2在人群中低水準地傳播，因為人口水準的死亡率變化不太可能足夠敏感地檢測到這一點。
鑒於從感染開始到COVID-19相關死亡的時間差，2020年第3周全因死亡率和第3周肺炎特異性死亡的快速增加表明，2020年第一周病毒已在武漢人群中傳播廣泛。在武漢以外的湖北省人群中，死亡率的急劇上升發生在1-2周之後，這表明武漢的流行早於湖北省其他地區和其他省份。
聯合小組建議擴大死亡率回顧的範圍，將系統發育分析發現早期流行集群的其他省份包括在內，並與中國其他省市進行比較。
對2019年10月及11月武漢潛在病例進行臨床回顧
武漢市共有233家醫療機構搜索到了2019年10月1日至12月10日因四種疾病（發熱、急性呼吸道疾病、流感樣疾病和“不明原因肺炎）之一到醫療機構就診的患者，共計76,253份病歷。2019年12月初，60歲以上年齡組的ARI（以及ILI和發熱）較前上升。經各醫療機構的臨床小組回顧後，在76,253人中有92人被認為在臨床上符合SARS-CoV-2感染引起的疾病。在2021年1月對92例中的67例病例（不包括死亡病例、拒絕或無法獲得的病例）采集了血液，並採用膠體金方法進行了SARS COV-2抗體檢測，結果均為陰性。隨後經外部多學科臨床專家複查，判定92例均不符合SARS-CoV-2感染。
基於2019年12月疫情暴發前兩個月內武漢市潛在病例無SARS-CoV-2感染的證據，國際聯合專家團隊認為在這個階段內並不能排除部分傳播的可能性。另外，在疫情發生12個月後，調查2019年底幾個月發生傳播可能性的血清學檢測方法亦存在局限性。
聯合小組建議進一步審核用於確定和描述回顧性臨床研究中病例特徵的方法，包括92例最初確定可能與COVID-19診斷相符的病例，以及其他可能病情較輕的病例，以尋找在之前未被確認病例的可能診斷為COVID-19的特徵（如聚集性發病）。鑒於2019年12月初老年人ARI增加，應進一步聯合回顧ARI數據。
應對臨床回顧中獲得的67個標本進行進一步檢測，並與2019年12月以來確診的174例病例樣本和任何其他相關樣本複檢後進行比較。這應該與通過血庫收集的歷史樣本進行血清學檢測的新方法聯繫起來。
對經國家法定傳染病報告系統上報的病例進行回顧分析
2019年12月初，武漢出現由SARS-CoV-2感染引起的爆發性疫情。共發現174例在2019年12月起病的COVID-19病例（100例實驗室確診病例，74例臨床確診病例）。只有去醫療系統就診的更嚴重的病例被確認。其他較輕（和無症狀）病例與已確認病例同時存在，但目前沒有關於這些較輕病例的信息，這可能是早期疫情的流行病學的補充。
許多早期病例與華南海鮮市場有關，但也有相似數量的病例與其他市場有關，有些病例與任何市場均無關。12月在更廣泛社區內的傳播可以解釋與華南海鮮市場無關的病例，另外存在與該市場無關的早期病例，這可以表明華南海鮮市場不是疫情的發源地。然而，其他尚未確認的較輕的病例可能提供華南海鮮市場與早期病例之間的聯繫，而這些早期病例之前認為與市場沒有明顯的聯繫。因此，關於華南海鮮市場在疫情起源中的作用或者感染是如何傳入市場的，目前尚無法得出確切結論。
鑒於2021年1月和2月訪問武漢期間的時間有限，應對174例確診病例進行進一步聯合回顧，包括分析病例的臨床和人口特徵以及危險因素。是否重新對這些患者進行當面詢問取決於聯合回顧的結果。聯合小組還建議回顧2019年12月報告為COVID-19潛在病例的其他患者的信息，以了解這些病例是否屬於先前未被確認的COVID-19病例，以及是否對SARS–CoV-2在首次確認疫情期間在當地人群的感染情況提供任何額外的信息
分子流行病學
因為大多數新型病毒都來源於動物，所以要了解導致病毒溢出和全球傳播的過程就需要深入了解動物貯主所攜帶病毒的多樣性和演變，動物、環境和人類之間的相互作用，以及形成有效人傳人的因素。能導致全球大流行的病毒必定高度適應了人類環境。這種適應可能是突然獲得的，也可能是經過多個步驟逐漸獲得的，而且每個步驟都是自然選擇所推動的。因此，SARS-CoV-2的溯源工作應將重點放在兩個階段。第一階段涉及病毒在發生人畜共患轉移前在動物宿主（如蝙蝠、穿山甲或其他野生或家畜）中的循環。在這一進化過程中，各種動物物種都可能成為貯主。SARS-CoV-2的祖先株可能在其循環過程中獲得了感染人類的能力。與SARS-CoV-2病毒高度同源序列病毒的發現表明SARS-CoV-2可能源於人畜共患的傳播，但其貯主仍有待查明。第二階段涉及發生人畜共患轉移後SARS-CoV-2在人群傳播過程中的演變。這種動物到人的溢出的可能性隨著動物和人接觸的頻率以及強度增加而增加。溢出可能會反覆發生，但如果貯主中的病毒基因組需要進一步適應以實現有效的持續傳播，那這種早期的溢出可能不會被發現。一旦具有大流行潛力的病毒發生演化或溢出，那麽它們就會獲得擴散的能力，導致大量具有適應性突變的病毒株在不同地域的人群中出現，從而引發COVID-19大流行。
動物的基因組數據
迄今為止的調查和針對性研究的證據表明，在蝙蝠和穿山甲中發現了與SARS-CoV-2關係最密切的冠狀病毒。樣本病毒與SARS-CoV-2的基因序列具有高度相似性，提示上述哺乳動物可能是導致COVID-19的病毒的貯主。然而，到目前為止，從99個物種中發現的病毒與SARS-CoV-2的相似度都不足以使其成為SARS-CoV-2的直接祖先。除了這些發現，水貂和貓對SARS-CoV-2的高度易感性表明，可能還有其他動物物種（鼬科或貓科動物，以及其他物種）是潛在的貯主。將序列數據庫中的數據與潛在貯主物種調查中的數據進行比較後發現，這些可能的貯主物種的標本采集嚴重不足。
對病毒基因組和大流行早期流行病學數據的分析
聯合團隊回顧了通過中國國家生物信息中心在其包含所有可用冠狀病毒序列和元數據的綜合數據庫中收集的數據。選擇了2019年12月和2020年1月收集的樣本的所有序列數據進行深入分析，回顧了病毒在大流行第一階段的多樣性。對於在中國武漢發現的病例，將其數據與流行病學背景相聯繫後選擇12月31日前發病的病例。最終分析結果顯示，在暴露於華南海鮮市場的病例中，有幾例病例的病毒基因組是相同的，說明這些病例可能是某個聚集病例群的一部分。但序列數據也顯示，武漢市大流行初期就已經存在一定的病毒多樣性，說明在華南海鮮市場群之外還有未采樣的傳播鏈。從生肉暴露或毛皮動物暴露的流行病學參數來看，沒有明顯的病例聚集現象。
根據早期序列數據估計到最近共同祖先的時間
此外，通過分析來估計終末數據集中SARS-CoV-2序列到最近的共同祖先的時間（tMRCA），並與之前的研究結果進行比較。這樣的tMRCA分析可以被認為是估計的，並不能提供起源時間的確切證明。分子序列數據分析表明大流行的開始時間可能在12月中旬之前的某個月。估計的時間點從9月下旬到12月上旬不等，但大多數估計點在11月中旬到12月上旬之間。
SAES-CoV-2的文獻綜述：早期發現
最後，對已發表的文獻中表明SARS-CoV-2早期循環的數據進行了回顧。這些來自不同國家的研究表明，SARS-CoV-2的循環比最初發現病例的時間早了幾周。部分疑似陽性樣本的檢測時間甚至早於武漢首例病例，提示其他地區可能存在漏診的情況。但到目前為止，研究的質量還很有限。儘管如此，調查這些潛在的早期事件還是很重要的。
動物及環境研究人們在不同動物中發現了在系統進化上與SARS-CoV-2相關的冠狀病毒，包括菊頭蝠和穿山甲。然而，在湖北省采取的蝙蝠樣本並未發現SARS-CoV-2病毒存在的證據，中國各地野生動物的采樣至今也未發現SARS-CoV-2的存在。我國31個省共采集野生動物、畜禽標本8萬餘份，在SARS-CoV-2爆發前後均未發現SARS-CoV-2抗體和核酸陽性結果。通過對華南海鮮市場動物產品的廣泛檢測，未發現動物感染的證據。
在華南海鮮市場關閉後的環境取樣顯示923例環境樣品中有73例樣本呈陽性，，表明其表面普遍有SARS-CoV-2汙染，符合通過感染者、感染動物、被汙染的產品引入病毒的情況。
華南海鮮市場的供應鏈包括來自於20個國家的冷鏈產品和動物製品，這其中有些國家在2019年年底前報告有SARS-CoV-2陽性樣本，或發現有與SARS-CoV-2關係密切的病毒。有證據表明，市場內銷售的一些養殖野生動物物種製品對SARS-CoV-2易感，然而在本研究中，市場上采集的動物樣本均未檢出陽性結果。冷鏈產品未進行檢測。然而，這些研究結果確實提出了可能存在不同引入途徑的可能性，強調了有必要對這些供應鏈進行仔細的追溯和對樣本進行檢測。
SARS-CoV-2可在冷凍食品、包裝和冷鏈產品的條件下存活。中國最近暴發的疫情中的指示病例與冷鏈有關。研究表明，病毒在低溫下可以長期存活，因而可以在冷凍產品上被長距離攜帶。目前正在進一步研究病毒在不同溫度下的存活能力。
華南海鮮市場有大量攤位出售冷鏈產品。流行病學研究表明，有冷鏈貨物的攤位出現病例的相對風險高於無冷鏈貨物的攤位。需要進一步分析來確定時空對應關係和糾正抽樣中存在的潛在偏倚。其他應開展的研究包括追溯從2019年底前有SARS-CoV-2陽性樣本報告的地區進口的冷鏈貨物，以及通過訪談供應商追溯冷凍野生動物製品動從供貨養殖場到華南海鮮市場的過程。
在向中國供應冷鏈產品的其他國家，已經發現包裝和產品上有SARS-CoV-2的證據。有證據表明，在向中國提供冷鏈產品的其他國家存在早期病例群。另一個問題是調查2019年底前有SARS-CoV-2陽性樣本報告地區或是動物中發現SARS相關冠狀病毒的國家（如東南亞國家）的冷鏈或冷藏供應鏈。與此同時，一定要區分冷鏈在國外輸入病毒和市場本身發生疫情中的作用，後者可能是感染者汙染了產品。
國際團隊對下一階段開展的研究提出了建議，以協助SARS-CoV-2以及其最接近的共同祖先的溯源工作。這些研究可包括：對野生動物樣本進行SARS-CoV-2相關病毒測序和抗體檢測；繼續對中國南方省份和東亞、東南亞及其他鄰國地區的菊頭蝠進行調查；梳理已經完成的工作，以明確下一步計劃；分析病毒與人類接近的可能性。可以由在不同國家工作的現場團隊對其他野生動物物種進行采樣，或通過對海關沒收的穿山甲等動物進行機會性采樣。可以將分析範圍擴大到其他物種，包括潛在的中間宿主或貯主如麝貓、水貂、雪貂和靈長類動物等。
應對養殖的食用野生動物進行研究，走訪養殖戶和供應商，詢問他們的接觸情況，分析武漢其他市場動物及製品的交易和交易歷史，特別是與人感染病例或序列數據有關的市場。其他工作可包括以下調查：東南亞和更遠地區養殖的動物，以尋找與SARS-CoV-2相關的病毒；獾--東南亞的養殖麝貓/果子狸；有兔等冠狀病毒易感動物存在的牲畜養殖場。對中國及其鄰國的皮毛動物養殖場繼續進行SARS-CoV-2及相關病毒的針對性調查會非常有價值。
應針對有動物、冷鏈製品等職業暴露風險的群體進行血清學檢測，以確定他們是否有異常高的抗體滴度，提示有SARS-CoV-2出現的危險因素。
建議
流行病學
未來工作的主要建議是：
通過時間序列分析，進一步探討與前幾年相比2019年每周ILI趨勢（尤其是成人），並進一步回顧2019年年底老年人ARI的增加情況
●繼續尋找其他生物庫進行回顧性實驗室檢測，尤其是在武漢。
●對武漢血液中心保存的2019年起的獻血標本進行SARS-CoV-2血清學調查。建議根據國家和地方的適當法規，在獲得科學和倫理批準的情況下，探索對2019年9月-12月武漢市獻血者（包括經常獻血者）進行SARS-CoV-2特異性抗體檢測的不同方案。
●研究新的血清學檢測方法，對在臨床回顧中最初發現的病例、早期確診病例和其他感興趣的群組的檢測情況進行重新分析。有可能在此類工作領域開展國際合作。
●對174例上報的病例作進一步分析。在明確有其他危險因素的前提下，可考慮對這些病例進行再訪談。
分子流行病學
未來工作的主要建議是：
擴大分子、臨床和流行病學綜合數據庫，以涵蓋現有的與新冠病毒起源有關研究的全部信息。這包括動物和環境調查的數據。此外，需要提供高質量的基因組數據方案，以進行深入分析。
在懷疑有SARS-CoV-2早期（2019年12月及之前）傳播的地區開展更多的基因組測序工作。
動物與環境
●未來工作的主要建議是：
●在疫情開始前的幾周/月內，對SARS-CoV-2在特定批次的與冷鏈相關的仍然可用的華南海鮮市場銷售的產品進行回顧性測試。
●研究檢驗病毒的生存能力和隨著產品通過供應鏈自然發生的凍融循環。
●應當繼續對潛在的野生動物宿主和中間宿主進行調查，尤其是在華南、東南亞和風險評估指導下的其他地區。特別令人感興趣的物種是犀牛馬蹄蝠和相關物種、穿山甲及穿山甲類、果子狸、雪貂獾、水貂和其他已知易受SARS相關冠狀病毒感染的物種。
●對飼養家養野生動物的二級農場進一步追溯，這些農場的肉類與華南海鮮市場以及其他市場的疫情存在關聯。這可以包括約談從業人員、農民及其工人、冷鏈供應商和其他相關人員，還可以結合開展對他們、他們的家人和接觸人員的血清學檢測。對與早期病例有關的其他市場進行調查，並從中追溯，可能會提供關鍵線索。
●在2019年底前，對汙水、血清、人類或動物組織/拭子和其他SARS-CoV-2檢測結果呈陽性的國家和地區進行相關可追溯性研究。
病毒出現的可能途徑
國際聯合專家組評估了四種引入情況：
●人畜共患病向人類直接傳播（溢出）；
●溢出後通過中間宿主引入；
●通過冷鏈/食物鏈引入；
●通過實驗室事件引入。
對於每一種可能的出現途徑，聯合專家組都進行了定性風險評估，考慮了現有的科學證據和發現，並陳述了針對每種可能性的論點。專家組評估了這些途徑的相對可能性，並優先考慮進一步開展可能加深全球認識和理解的研究。
聯合專家組對每種可能途徑的可能性評估如下：
●人畜共患病直接溢出被視為一種從可能到比較可能的途徑；
●通過中間宿主引入被視為一種從比較可能到非常可能的途徑；
●通過冷鏈/食品鏈產品引入被視為一種可能的途徑；
●通過實驗室事故引入被視為極不可能的途徑。
結束語
國際團隊認識到疫情對武漢的影響，從受影響的個人和社區到衛生工作者、科學家和政府官員。該團隊讚揚所有專業人員的參與，他們花了很長時間分析大量數據，以支持團隊工作。最後，該團隊呼籲在追蹤COVID-19起源方面繼續采取科學和合作的方法。
香港九龍灣馬來街興發大廈15樓D室