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癌症是怎麼來的?解密這背後基因組的深層奧秘

眾所周知,癌症是一種基因性疾病。正常細胞逐步變成癌細胞,歸根結底是由於基因的改變,也就是常說的基因突變。

基因突變是在細胞DNA複製過程中出現的錯誤。正常來說,這種情況的發生其實概率很低,因為我們身體內部存在著非常精密的免疫系統。然而,有兩種情況會促使DNA複製過程中錯誤的巨幅增加洋蔥會在下文中詳細展開。

因此,全面發現癌症基因組發生了什麼變化,正確解讀這些變化展示的信息,對於指導人們開發出更加有效的降低癌症發生率和死亡率的方法至關重要

十年前,通過基因測序來識別癌症基因組的變化,似乎是科幻小說中才有的情節。然而,經過十多年的飛速發展,這一切成為了現實。

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吸煙人群的肺癌體細胞突變數量是非吸煙人群的10倍。

大多數人類癌症是由在20至30年內發展的2至8次連續「驅動「突變引起的。

驅動突變基因在細胞命運、細胞生存和基因組維持中具有重要作用。

了解腫瘤的遺傳異質性,對於癌症的診斷和治療有著重要影響。

對於癌症基因組的研究有助於預防和早期發現癌症,這對降低癌症發病率和死亡率至關重要。

人類癌症中到底有多少基因突變發生?

在來自結腸、乳腺、腦或胰腺等常見的實體腫瘤中,平均33至66個基因存在體細胞突變

這些突變中約95%是單鹼基替代(例如C>G),其餘的是缺失和插入(例如CTT>CT)。而在鹼基替代中,90.7%為錯義變化,7.6%為無義變化,1.7%為剪接位點或非翻譯區域變化。

也就是說,這些基因突變的大部分都會影響其蛋白質產物,進一步導致功能的變化

我們都知道,腫瘤細胞的最基本特徵就是持續增殖能力。與正常細胞相比,腫瘤細胞會對生長促進信號的解除進行控制,而這就是與生長因子受體信號相關的體細胞突變在「從中作祟」。

值得注意的是,在黑色素瘤和肺部腫瘤中,每個腫瘤含有大約200個非同義突變,這反映了紫外線和煙草煙霧這兩種強效誘變劑參與到了這些腫瘤類型的發病機制中

更重要的是,吸煙人群的肺癌體細胞突變數量是非吸煙人群的10倍

這些體細胞突變都在什麼時候發生?

現在就來回答文章開始出現的那個問題,雖然細胞在複製過程中想要出錯很難,但哪兩種情況會促使細胞複製過程中錯誤的巨幅增加?

這些錯誤本身就潛伏在我們的每個細胞中,遺傳於父母的生殖細胞,只不過還沒有日積月累達到一定的程度。這樣引起的癌症基因變化叫做種系突變

這些錯誤是衰老和環境因素的自然結果,如生活習慣(吸煙、酗酒),微生物感染(HPV、HBV、幽門螺旋桿菌)以及異塵餘生等。這樣引起的癌症基因變化叫做體細胞突變

在以上兩種因素的單獨或共同刺激下,隨著時間的推移,腫瘤細胞獲得一系列突變,從而導致良性病變進入惡性病變。這一過程在結直腸腫瘤中得到了較好的研究。

第一個或「守門」突變為正常的上皮細胞提供了選擇性生長優勢,最常發生在APC基因中,由這種突變引起的小腺瘤生長緩慢。而發生在另一個基因中的第二個突變,如KRAS基因,則允許細胞數量擴大。這種突變的過程會隨著克隆擴增繼續發生,PIK3CA, SMAD4和TP53等基因的突變,最終導致惡性腫瘤的發生,通過基底膜侵入並轉移到淋巴結和遠處器官。

在這一過程中,「驅動」突變賦予腫瘤細胞選擇性生長優勢。但其實,每個驅動突變只能帶來很小的生長優勢,細胞出生和死亡之間的差異增加0.4%。然而,年復一年,周而復始,就導致了巨大腫塊的發生

可以說,大多數人類癌症是由在20至30年內發展的2至8次連續「驅動「突變引起的。這些突變中的每一個都直接或間接地增加了細胞出生與死亡的比例,對細胞產生選擇性生長優勢。

而對於種系突變,通常並不會增加選擇性生長優勢,而是以增加遺傳不穩定性等間接方式刺激腫瘤的發生。

有多少驅動突變基因存在?

迄今為止,通過對3284個腫瘤中的20000個蛋白質編碼基因進行全基因組測序,目前發現了125個驅動突變基因。其中,71個是抑癌基因,54個是原癌基因。

原癌基因和抑癌基因在細胞生長、增殖調控和凋亡中起到重要作用

在正常情況下,原癌基因和抑癌基因彼此維持著平衡。但在致癌因素的作用下,原癌基因可被異常激活,誘導細胞發生癌變;而抑癌基因則受到抑製,導致癌細胞增殖、發展成為疾病。

當然,表觀遺傳驅動基因也可能導致選擇性生長優勢,但對於這些基因的確定一直具有挑戰性。

事實上,突變頻率較高的驅動突變基因數量已經接近飽和。未來仍會有新的驅動突變基因被不斷發現,但這些很可能會出現在尚未深入研究的罕見腫瘤中。

驅動突變基因有什麼重要作用?

所有目前已知的驅動突變基因在12個信號通路的一個或多個中起到重要作用。

關於這些通路的發現是生物醫學研究的最大成就之一,並可以進一步組織成三個核心細胞過程:細胞命運、細胞生存和基因組維持

更好地了解這些途徑是基礎癌症研究中最迫切的需求之一。

細胞命運

分裂還是分化?這就是細胞的命運。

癌症中的許多遺傳變異都致力於消除分化和分裂之間的精確平衡,有利於後者的發生。這導致了選擇性生長優勢,因為分化細胞最終會死亡或靜止。

APC, HH和NOTCH在這一過程中發揮著重要功能,控制著從蠕蟲到哺乳動物等生物體的細胞命運。

縱橫諜海是指細胞增殖的過程,細胞數量由一個分裂成為兩個。

細胞分化是指細胞類型變化的過程,從一種類型轉變為另一種類型。

細胞生存

在營養物濃度被限制的情況下,

腫瘤細胞將如何存活?

腫瘤細胞中的EGFR, HER2, FGFR2, PDGFR, TGFbR2, MET, KIT, RAS, RAF, PIK3CA和PTEN基因突變,一些負責編碼生長因子受體,一些負責將信號從生長因子傳遞到細胞內部,在激活狀態下刺激細胞生長,從而允許腫瘤細胞在限制營養物濃度的情況下進行繁殖。

也就是說,即使營養物不夠,腫瘤細胞也能通過競爭獲得生存優勢

當然,還有一些基因可以直接調節細胞周期或凋亡的驅動基因。

基因組維持

DNA複製或分裂發生錯誤時,

腫瘤細胞該怎麼辦?

細胞會在DNA複製或分裂時發生錯誤,正常情況下,檢查點會使細胞的生長速度變慢或自我凋亡。

但是,腫瘤細胞中的TP53和ATM基因突變,可以使這些檢查點失去功能。腫瘤細胞在損傷中也能夠存活,具有選擇性生長優勢。

什麼是遺傳異質性?

如果把腫瘤比喻成雪花,世界上沒有兩片雪花是相同的,也沒有兩個腫瘤是相同的。了解腫瘤的遺傳異質性,對於癌症的診斷和治療有著重要影響

1. 腫瘤細胞內的異質性。

同一腫瘤內的腫瘤細胞也可能出現微小甚至顯著的不同。

圖示一個原發腫瘤病灶中有四種不同的克隆組成。

2. 同一患者不同轉移性腫瘤病灶之間的異質性。

大多數情況下,癌症患者的每一個轉移性病灶都是由非常不同的細胞組成,化療幾乎不可能實現治癒。

3. 個體轉移性腫瘤細胞之間的異質性。

計算表明,醫學成像中可見尺寸的任何轉移性病灶都有數千個細胞,幾乎可以抵抗任何藥物。因此,複發只是時間問題,完全可以根據已知的突變頻率和腫瘤細胞生長速率來預測。

4. 不同患者的腫瘤之間的異質性。

沒有兩個癌症患者的腫瘤是完全相同的。這種患者間的異質性大部分可能與腫瘤內的體細胞突變有關。致力於癌症患者的個性化治療主要基於對這種異質性的認識。

寫在最後

基於癌症基因組測序的飛速發展,人們已經對癌症基因組信息有了較為全面的認識,對癌症患者的臨床診斷和治療產生了深刻影響。畢竟「知此知彼,百戰不殆」

此外,對於癌症基因組的研究有助於預防和早期發現癌症,這對降低癌症發病率和死亡率至關重要。

參考文獻

[1]Vogelstein B, Papadopoulos N, Velculescu V E, et al. Cancer genome landscapes[J]. science, 2013, 339(6127): 1546-1558.


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