脊椎動物RNA病毒的進化史

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RNA病毒具有廣泛感染宿主的能力，並具有巨大的遺傳和表型多樣性。由於它們對公共衛生和農業工業的潛在影響，人們對描述脊椎動物相關RNA病毒的多樣性和進化方面相當關注。但人們對其理解主要局限於在哺乳動物和鳥類宿主中發現的，並與顯性疾病有關的RNA病毒。

中國疾病預防控制中心傳染病預防控制所張永振研究團隊使用大規模的Meta轉錄組方法開展了一項研究，在爬行動物、兩棲動物、肺魚、輻鰭魚、軟骨魚和無顎魚中發現了214種與脊椎動物相關的RNA病毒。新發現的病毒出現在與脊椎動物感染相關的RNA病毒的每一個家族或屬中，包括了含有人類致病性的病毒，如流感病毒、沙粒病毒和絲狀病毒家族，它們的分支順序廣泛反映了其宿主的系統發育史。該研究為大多數脊椎動物RNA病毒建立了長期的進化史，並使用直系同源內源病毒元件來評估進化時間尺度（evolutionary timescales）。該研究還鑒定出了新的脊椎動物特有的RNA病毒及其基因組結構，並重新評估了媒傳RNA病毒（vector-borne RNA viruses）的進化。

儘管快速進化和頻繁交換宿主兩個因素交叉在一起，但研究人員成功對先前未充分採樣的宿主的病毒多樣性進行了大規模的分析，並表明脊椎動物中的RNA病毒傾向於廣泛地遵循它們宿主的進化史，這些宿主從海洋開始，並延續了數億年。這些結果適用於大多數脊椎動物RNA病毒科或屬，與最近使用古病毒學數據對病毒進化進行分析的結果一致。這些結果也對人們理解病毒進化有更廣泛的意義。總之，這項研究揭示了每一個與脊椎動物相關的病毒家族的長期的病毒-宿主關係，進一步說明了RNA病毒的古老歷史。

參考文獻：Nature 2018;556:197-202

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