在滅亡金朝後(1234年)，蒙古軍主力北撤，而南宋的宋理宗剛剛親政一年，急於光複中原，下令宋軍趁蒙古無暇南顧，開始北伐，以收復洛陽，汴梁，商丘三京，實際情況是中原地區經過蒙古洗劫，已是滿目瘡痍，宋軍一路所收復的城市包括汴梁，洛陽都幾乎空無一人，北伐宋軍根本得不到給養補充，很快陷入困境，而蒙古為阻止南宋北伐，居然掘開了黃河大堤，水淹宋軍，此後，故意引誘宋軍深入的蒙軍趁機合圍，北伐宋軍大敗，從此只得轉入戰略防禦。
第一次蒙宋戰爭，蒙古遭受重大挫折
1235年，窩闊台發動了打到多瑙河的第二次西征，同時，以南宋背約為名，分兵兩路，大舉犯宋，東路主攻襄樊，江淮，西路主攻四川，剛開始，蒙古軍就遭到宋軍的頑強抵抗，軍事進展緩慢，直到第二年才有所突破，西，東兩路軍分別攻佔了陽平關和襄陽這兩處戰略要地，抵抗的宋軍有些招架不住，蒙古軍開始在湖北沿江集結，準備橫渡長江，宋廷則受到極大震動，派大將孟珙救援，孟珙很快連破蒙古24寨，大敗蒙古軍隊，取得江陵大捷，粉碎了蒙古軍南渡的企圖，從而打破了蒙古軍隊不可戰勝的神話。
此後幾年，宋軍在孟珙率領下與蒙古軍展開了慘烈的拉鋸戰，雙方互有輸贏，難分高下，至1239年，大將杜杲在廬州(今合肥)大敗蒙古東路軍主力，蒙古東路軍傷亡慘重，被迫撤出宋境，而孟珙則進入反攻，連敗蒙古軍隊，收復襄樊諸郡和信陽，基本解除了蒙古大軍在東路對南宋的威脅，同年，主攻四川的蒙古軍隊勢如破竹，進逼三峽，孟珙率部迎敵，至1240年初，大敗西路蒙古軍，取得大埡寨大捷，並收復夔州，兩路圍攻南宋的蒙古軍隊全面受挫，到1241年，蒙古大汗窩闊台病死，西路蒙古軍隊從四川撤離，至此，長達六年的蒙宋戰爭，以蒙古的失敗而告終，這也是蒙古征服史上遭受的第一次重大挫折。
蒙哥對南宋的軍事大包圍
1241年，蒙古大汗窩闊台病死後，內部紛爭汗位，大汗之位遲遲不能定，雖然後來窩闊台的兒子貴由繼承了汗位，也隻兩年就死了，在此期間，蒙古軍曾進犯過四川，但被南宋大將余階擊敗，直到1251年，成吉思汗的孫子，拖雷的兒子蒙哥取得蒙古大汗之位，在他穩定了地位以後，就發動了針對西亞和中亞的第三次西征，並著手製訂亡宋計劃。
為避開長江天塹，蒙哥的弟弟忽必烈主張，從甘肅出兵，經川西，滅亡位於雲南一帶的大理國，從而完成對南宋的軍事大包圍，這個計劃最終得到大汗蒙哥的批準，1252年，忽必烈率10萬大軍開始了滅亡大理國的長途奔襲，至1254年，俘獲大理國末代君主段興智，大理國滅亡，蒙古完成了對南宋的軍事大包圍。
第二次蒙宋戰爭，蒙古大汗命喪
第一次蒙宋戰爭結束後，抗蒙名將孟珙，杜杲相繼病逝，實乃南宋一大損失，而蒙古在完成了對南宋的大包圍後，於1258年發動了第二次蒙宋戰爭，蒙古大軍共分三路，中路軍由蒙古大汗蒙哥親自率領，南下四川，直撲重慶，南路軍從雲南出發，經廣西，直撲長沙，北路軍由忽必烈率領，直撲鄂州(今武漢)，三路軍計劃在鄂州會師，然後順江東進，直取臨安，企圖一舉滅亡南宋。
由大汗蒙哥率領的中路軍是三路軍的主力，開始的時候進展非常順利，一舉攻克了成都，此後宋軍節節敗退，四川大部失守，蒙軍順嘉陵江南下，妄圖攻佔重慶，合州位於重慶北邊門戶，抗蒙名將孟珙曾在這裡經營過，並在合州旁的釣魚山修築堡壘以加強合州的防禦能力，孟珙死後，其部將王堅也不敢怠慢，一直在加強防守，因此，當1259年蒙哥率領的蒙古軍來到合州後，馬上就遇上了挫折，此後，雙方在合州展開了激烈的攻防戰，相持了幾個月，蒙古軍一直不能前進半步，心情焦急的蒙哥親自率兵攻城，被石炮擊中，當晚死在營中，中路軍士氣低落，只得撤退。
忽必烈率領的北路軍也久攻鄂州不克，而忽必烈又急於回國搶奪汗位，正好南宋權臣賈似道背著朝廷前來議和，正中忽必烈下懷，雙方簽定議和協定後，忽必烈便率蒙古軍撤退爭汗位去了，至1260年，所有入侵南宋的蒙古軍全部撤退，第二次蒙宋戰爭以蒙古大汗蒙哥戰死，三路大軍無功而返告終，但賈似道私自與忽必烈議和，為以後埋下了禍根，蒙古內亂與南宋奸臣當道。
蒙古大汗蒙哥戰死於合州後，他的兩個弟弟忽必烈和阿里不哥為爭汗位打了起來，1260年，急忙從鄂州前線趕回來的忽必烈和他的弟弟阿里不哥分別在開平和蒙古國首都和林自稱大汗，雙方因此展開了長達四年的內戰，1262年，掌管山東的漢族軍閥李檀又起兵反叛，並與南宋取得聯繫，蒙古局勢一時非常混亂。
蒙古內亂本來是南宋的好機會，可是南宋這幾年都幹了些什麽?奸臣賈似道本是市井一混混，憑借外戚身份，竟位極人臣，專橫跋扈，在鄂州前線，本來忽必烈急於回蒙古爭汗位，南宋是掌握主動權的，而賈似道竟私自與忽必烈簽定對南宋極其不利的和約，回臨安後，其又編造打敗忽必烈的謊言，更博得皇帝的信任，賈似道此人外強中乾，表面囂張，內心非常懼怕蒙古人，其殘害正直的大臣，尤其是一些抗蒙將領都被他關進了監獄，抗蒙名將向士璧，曹世雄更是被賈似道害死在獄中，而他還大肆啟用一些只會拍馬的庸人。
趁蒙古內亂和賈似道營造的太平氣氛，杭州的君臣又過起了醉生夢死的生活，豈料大難即將來臨，南宋之亡，始於賈似道。
襄樊保衛戰
忽必烈在平定李檀叛亂後，於1264年又徹底擊敗阿里不哥，從而結束了蒙古4年的內亂，而反觀南宋，在賈似道一手遮天下，名將被殺，軍政日趨腐敗，於是，忽必烈將滅亡南宋作為頭等大事，也就在這個時候，南宋四川守將劉整見其他將領被害，為求自保，率所部向蒙古投降，劉整本為孟珙部將，深得孟珙所傳，而其所部水師更是精悍，也因此蒙古終於得到了夢寐以求的水師，而後，為表忠心，劉整又向忽必烈提出了先取襄陽，再攻臨安的亡宋戰略，被忽必烈采納。
1268年，蒙古以阿術為主將，劉整為副將率領蒙古軍隊和降蒙的南宋水師攻打襄樊，襄樊保衛戰拉開序幕，襄樊自1239年被孟珙收復以來，一直被南宋苦心經營，城防相當堅固，兵多糧足，蒙古軍開始進攻重點是樊城，用盡各種辦法，都無法破城，1271年，忽必烈又從四川增兵，襄樊兩城所受壓力越來越大，到1272年，襄樊已被圍五年，糧食已基本耗盡，但兩城軍民依然鬥志昂揚，元兵始終無法破城，同年，南宋大將李庭芝派張貴，張順率3000士兵，攜帶城內急需物資，成功突破元兵的包圍，衝進了襄陽，這是五年內第一支進入襄陽的援兵，極大鼓舞了全城軍民計程車氣，此後，襄陽宋軍與外圍的宋軍取得聯繫，雙方約好共同夾擊元軍，只是有叛徒向元兵投降，出賣了這條計劃，致使襄陽宋軍遭到元軍埋伏，損失慘重，再也無力反攻，至此，襄樊保衛戰對蒙古已是極為有利。
1273年，元軍終於攻破了樊城，守將范天順，牛富自殺與城共存亡，襄陽已孤立無援，守將呂文煥向元朝投降，歷時6年的襄樊保衛戰以襄樊失陷而告終，南宋的門戶被徹底打開。
謝太后投降
早在1271年，蒙古大汗忽必烈就稱皇帝，改國號為元，1274年，忽必烈下令元兵自漢江入長江，沿長江東下，一路上南宋將領紛紛投降，到1276年，兵臨臨安城下，謝太后和宋恭宗出城投降，南宋氣數已盡。
厓山，悲壯的決戰，恭宗投降後，南宋余部一直在堅持抵抗，大將李庭芝還在堅守揚州，陸秀夫，張世傑在福州擁立端宗為帝，文天祥則在江西一帶發展反元勢力，一度控制了不少城池。
李庭芝在揚州雖遭元軍圍困，也一直不投降，後糧草用盡，於是突圍，想去福州與陸秀夫會師，在泰州被元軍打敗，李雖被俘，仍不投降，最終被元軍殺害，文天祥在江西的壯大引起了元朝的重視，元軍主力南下江西，文天祥不敵，只得退到廣東，後在廣東潮陽被南宋叛獎張弘范抓獲，雖然元朝百般誘惑和威逼，天祥至死不降，並寫下"人生自古誰無死，留取丹心照汗青，"這樣千古傳誦的詩句和《正氣歌》這樣的光輝詩篇，最終，天祥也被殺害了。
在福州的南宋小朝廷，後來不斷南遷，途中端宗去世，陸秀夫又立九歲的趙昺為帝，而南宋小朝廷一直堅持在廣東沿海抗元，1279年，元軍與宋軍在厓山展開了最後的決戰，混戰幾天后，宋軍不支，張世傑與陸秀夫決定撤退，此後，宋軍的船隊被元軍衝散，陸秀夫不願被俘虜，眼含淚水背著小皇帝跳海自殺，殘余的宋軍和官員也紛紛跳海殉國，至此，南宋徹底滅亡，1279年，元朝統一中國。
南宋抗蒙50多年，比他強大的金不到30年就滅亡了。如果拿南明抗清短短的20年則更明顯了，可見南宋是蒙古征服史中最強勁的對手！
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