◎科技日報記者 張佳星
“回想2003年沒有mNGS技術的時候，我們對於SARS冠狀病毒的認識需要五到六個月，而現在對新冠病毒的認知，國內科學家用了很短時間。”5月8日，複旦大學附屬華山醫院感染科主任張文宏教授在第三屆感染性疾病精準醫學高峰論壇上表示，認知新發病原體，新技術起到了重要的作用。
“在國家傳染病防治重大科技專項支持的平台基礎上，基於二代測序的mNGS技術，中國醫學科學院團隊用了約50個小時，就從不明原因肺炎樣本中獲得了新冠病毒全基因組序列，與其他兄弟部門共同確認新冠病毒是導致疫情病原。”中國醫學科學院北京協和醫學院副院校長王健偉教授表示，新技術找到了新冠病毒，新冠疫情也促進了新技術的應用發展，未來，需要推進新技術在精準診斷、遏製耐藥、防控新發病原等方面持續發力。
圖源：中國醫學科學院供圖
那麽mNGS究竟是啥？為什麽能讓識別新發病原體的速度像坐上了飛機？普通人用上它了嗎？
它讓感染治療從炮轟到狙擊
“在沒有新技術之前，如果遇到嚴重的感染中毒症，治療往往是各種抗感染的藥物一起上。”張文宏說，因為傳統技術時常無法及時給出或者給不出明確的感染病原信息。
這種“炮轟”式的操作由於難有針對性，很難有效壓住感染，甚至臨床上還能導致細菌的耐藥性。
“炮轟”不行，能不能“狙擊”？
2014年6月，《新英格蘭雜誌》上的論文記載了一場成功的“狙擊”——一例不明原因的腦膜炎，用盡各種傳統的醫學檢驗和診斷手段仍找不到致病病原體，用宏基因組測序技術後，明確了病原體為致病性鉤端螺旋體，改用幾毛錢成本的青霉素治療，32天后患者出院。
這是宏基因組測序，也就是mNGS名聲大噪的一戰。通過全面分析患者樣本中微生物和遺傳物質（包括DNA和RNA），識別“壞分子”，實現感染性疾病的精準治療。
“它無需事先了解預期的病原體，能夠同時檢測大量的微生物。”張文宏總結，mNGS擁有辨新、海量篩查病原體等多項優勢。
今天，宏基因組測序有了更成熟的應用進展，但是否用“狙擊”的方法，如何“狙擊”得更準，都需要深入開展方法學的研究。
“解讀測序獲得的結果，應該由感染科、檢驗科、重症醫學科等醫生進行更多的溝通和交流，以獲得更多的臨床支持。”張文宏認為，新技術應科學使用，避免濫用。
例如，並不是所有的感染都需要乾預。以新冠肺炎患者的診療為例，張文宏團隊進行的一項研究表明，新冠肺炎患者中的合並感染常見，但其中有很多不需要進行額外乾預，那麽什麽指標下需要乾預，乾預的最好“窗口期”是什麽？
也就是說，“狙擊”這一發什麽時候扣動扳機，需要基於臨床研究形成的指南。
它的正確解讀仍需“立規矩”
“這個方法很靈敏，就更需要警惕會不會搞錯。”王健偉指出，因為方法足夠靈敏，很細小的過程偏差也會反映到輸出的結果上，例如環境汙染、生物信息分析偏差甚至軟體算法等造成的差異，也會致使對單個鹼基的解讀完全不同。
如何正確解讀宏基因組測序給出的證據，以指導臨床實踐，成為實現感染性疾病精準診斷的重點之一。
“解讀包括mNGS的臨床規範、報告的理解等多個階段的問題。”國家衛生健康委全國真菌病監測網國家中心主任、中國醫學科學院北京協和醫院檢驗科主任徐英春表示，規範的建立是為了把mNGS技術在臨床上用好。
據介紹，國家衛生健康委臨床檢驗中心今年開展了首次mNGS技術室間質評，全國包括第三方實驗室在內的約90家實驗室參與，在面對複雜的鑒別考卷時，只有5家實驗室獲得滿分。
“從臨床規範來講，mNGS行業仍需要通過相關部門的引導推進標準化和質量可控性，這一點對於臨床非常重要。”國家衛生健康委臨床檢驗中心mNGS室間質評獲得滿分的企業——微遠基因創始人、首席執行官李永軍表示，後續通過技術創新實現醫院實驗室內模塊式自動化也是符合臨床規範的重要路徑，既能增加檢測效能，還能滿足標準化等要求。
它現在普及了嗎?
隨著成本的大幅下降，目前宏基因組測序逐步應用於重症患者的病原學診斷中。
10年前，一個宏基因組檢測的成本約為十幾萬元，而今已經下降到數千元級別。
“目前，絕大多數醫院未建立自有平台，而是借助第三方服務。從臨床需求來看，醫院自建實驗室和第三方提供檢測服務都在發展。”中華醫學會重症分會副主任委員，中國醫科大學附屬第一醫院重症醫學科馬曉春主任表示，從目前使用mNGS技術的反饋結果來看，整體的質量把控和臨床效果有利於患者診療。
如何能讓新技術為老百姓服務好、服務對？
馬曉春提醒，現在這一行業發展仍處於發展初期，提供服務的企業較多，應加緊制定系統化、規範化的標準，以利於市場整體的發展成熟和臨床診療的正確實施。
此外，該技術目前並未納入醫保，在後續技術、體系成熟的基礎上，通過規劃再納入到整體醫療體系當中，才能使它更好地服務人民生命健康。
來源：科技日報
編輯：王宇
審核：王小龍
終審：何屹
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