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大數據網路助力肺癌細胞信號傳導途徑研究

蒙大拿大學細胞生物學家Mark Grimes長官的一個科學家小組已經確定了肺癌細胞內的網路,這將有助於了解這種癌症並與藥物治療作鬥爭。


一類目前正在臨床試驗中名為HSP90抑製劑的新型藥物是如何對抗癌症的,這是第一次大規模的研究,同時分析三種不同類型的蛋白質修飾,同時採用新的方法,涉及數學和計算方法和網路來分析這些數據。


蛋白質在細胞內以不同的方式互相修飾以傳遞信號,這些信號指導細胞分裂、分化或死亡,癌症就是由細胞信號傳導機制出現差錯所致,這項研究更加精確地定義了這些信號通路,並整合了使用不同蛋白質修飾的途徑。

該研究著眼於45種不同的肺癌細胞類型,並將其修飾蛋白與正常肺組織進行比較。為了獲得大量的數據,使用了複雜的模式識別技術(包括機器學習演算法),蛋白質修飾中的模式與蛋白質相互作用網路相結合來分析肺癌的細胞信號傳導途徑。


由於資訊的複雜性,研究人員將其類比為:細胞包括蛋白質和其他組分,如DNA,細胞內的隔室中含有不同的成分,被細胞膜隔開,想像細胞就像一座房子,其中的人是蛋白質,不同的人在不同的地方花費多少時間,這取決於他們在房子裡的工作。蛋白質通過附著磷酸鹽,甲基和乙醯基而彼此相互修飾,相互製約,在細胞內發揮作用。

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