不少B肝患者經過治療，B肝病毒指標會出現變化，「大三陽」轉為「小三陽」，B肝病毒DNA轉陰，但是一旦停止治療，病毒指標又變回到原樣；有的患者不經任何治療，病毒指標也總在變化，陰性與陽性來回切換；有的患者病毒指標定量檢查，數值老是時高時低。這是怎麼回事呢？
由於慢性B肝患者機體免疫功能缺陷，使得B肝病毒長期潛伏於肝組織和其他器官組織中，如果機體免疫功能處於麻痹或低下狀態，那麼無論病毒怎樣複製、數量多少，肝功能都能保持正常，肝組織損害相對較輕，病毒指標相對穩定。
而如果機體免疫功能能夠識別B肝病毒，並開始清除病毒，但是清除能力不強，不能徹底清除或消滅病毒，B肝病毒數值就會時高時低，肝功也隨之發生變化。
慢性B肝患者體內不斷地發生著病毒與機體免疫系統的鬥爭，此消彼長，舊的平衡不斷被打破，再建立新的平衡，病毒數量和病毒複製水準不斷發生，每天病毒的數值都不同，這種變化的原因十分複雜，主要是受藥物或機體免疫系統的壓力影響，其次病毒的複製也有其自身的代謝動力學特徵，如果我們能夠用定量方法去監測病毒數量的變化，就會發現體內的病毒顆粒數量不斷地增減。
B肝「大三陽」和「小三陽」不是恆定的
由於大部分病人的免疫缺陷呈現低下狀態，雖然不能一次性將病毒徹底清除，但從來沒有放棄過，所以慢性B肝病人體內其實持續進行著抗病毒的免疫反應，病毒也不斷地通過各種手段和方式對抗藥物作用或免疫打擊，病毒發生基因變異是逃避免疫系統的攻擊，與藥效進行周旋的主要方式。
機體清除B肝病毒往往表現為「持久戰」形式，當使用一些抗病毒藥物，或是機體免疫功能增強時，供給病毒作用增強，病毒數量減少，甚至出現陰轉。而一旦停葯或機體免疫力下降時，如在過度疲勞、熬夜、感染、營養不良、缺乏鍛煉等情況下，病毒複製就會重新活躍起來此時就會又出現B肝病毒DNA陽性，「大三陽」再現。
具體導致B肝病毒變異的原因有以下三點：
①B肝病毒本身的因素。B肝病毒本身就在持續變化，自然有變異過程。
②B肝病毒變異和機體的免疫壓力有關係，機體免疫活化之後會抗病毒，此時病毒有一個免疫逃逸機制，避免機體對它產生攻擊，B肝病毒常常通過變異獲得免疫逃避的機會，那病毒就很容易出現變異。
③藥物誘導的變異。由於藥物作用於特定的部位，持續作用會導致這個部位的核酸改變，使B肝病毒對該藥物不再敏感，也就是耐藥性變異。
專家指出，B肝病毒指標會隨著機體變化而變化，B肝患者要定期複查肝功能和B肝病毒DNA，如果發現肝功能回升，DNA再次陽轉，即可能發生了病毒的變異。有條件的醫院實驗室可通過直接檢測病毒DNA的序列而發現變異病毒。
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