命門一詞，始見於《內經》，謂「命門者，目也」（《靈樞·根結》）。自《難經》始，命門被賦予「生命之門」的含義，它是先天之氣蘊藏之所在，人體生化的來源，生命的根本。於是命門就成了臟象學說的內容之一，遂為歷代醫家所重視。
命門的位置
關於命門的位置，歷來有不少爭論，歸納起來有以下幾種。
1．左腎右命門說：
腎有二枚，左腎為腎，右腎為命門之說，始自《難經》。「腎兩者，非皆腎也，其左者為腎，右者為命門」（《難經·三十六難》）。自此以後，晉·王叔和《脈經》，宋·陳無擇《三因方》、嚴用和《濟生方》，明·李梃《醫學人門》等均遵此說。
2．兩腎總號命門說：
明·虞摶否定左為腎右為命門之說，明確指出「兩腎總號為命門」，謂：「夫兩腎固為真元之根本，性命之所關，雖為水臟，而實為相火寓乎其中，愚意當以兩腎總號命門」（《醫學正傳》）。明·張景嶽認為：「腎兩者，坎外之偶也；
命門一者，坎中之奇也。以一統兩，兩而包一。是命門總乎兩腎，而兩腎皆屬於命門。故命門者，為水火之府，為陰陽之宅，為精氣之海，為死生之竇」（《類經附翼·求正錄》）。這一學說認為兩腎俱為命門，並非在腎之外另有一個命門。
3．兩腎之間為命門說：
以命門獨立於兩腎之外，位於兩腎之間，實以明·趙獻可為首倡。
他根據《素問·刺禁論》「七節之旁，中有小心」，認為「此處兩腎所寄，左邊一腎屬陰水，右邊一腎屬陽水，各開一寸五分，中間是命門所居之官，其右旁即相火也，其左旁即天一之真水也」（《醫貫》）。這種論點一直影響到清代，如陳修園《醫學三字經》、林佩琴《類證治裁》、張路玉《本經逢原》、黃宮綉《本草求真》等均宗此說。
4．命門為腎間動氣說：
此說雖然認為兩腎中間為命門，但其間非水非火，而只是存在一種原氣發動之機，同時又認為命門並不是具有形質的臟器。倡此說者首推明·孫一奎，他認為：「命門乃兩腎中間之動氣，非水非火，乃造化之樞紐，陰陽之根蒂，即先天之太極，五行以此而生，臟腑以繼而生。若謂屬水、屬火、屬臟、屬腑，乃是有形之物，則外當有經絡動脈而形於診，《靈》《素》亦必著之於經也」（《醫旨緒餘》）。
命門的功能
明代以前，在《難經·三十九難》「命門者……其氣與腎通」之說的影響下，把命門的功能籠統地包括在「腎氣」概念之中，認為命門的功能與腎的功能有相同之處。直到明代，命門學說得到進一步發展。綜合前人的論述，對命門的功能有以下幾種認識。
1．命門為原氣所系，是人體生命活動的原動力：「命門者，精神之所含，原氣之所系也」（《難經·八難》）。
2．命門藏精舍神，與生殖功能有密切關係：「命門者，精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞」（《難經·三十九難》）。說明命門是人體藏精舍神之處，男子以貯藏精氣，女子以聯繫子宮。
命門藏精舍神的功能，實為腎主生殖的一部分功能。陳修園則明確指出：「凡稱之曰門，皆指出入之處而言也。況身形未生之初，父母交會之際，男子施由此門出，女子受由此門人，及胎元既定，復由此門而生。
故於八門即飛門、戶門、吸門、賁門、幽門、闌門、魄門等七沖門（加上溺竅空門）之外，重之曰命門也」（《醫學實在易》）。認為命門在女為產門，在男為精關。
3．命門為水火之宅，包括腎陰、腎陽的功能：「命門為元氣之根，水火之宅，五臟之陰非此不能滋，五臟之陽氣，非此不能發」（《景嶽全書·傳忠錄·命門余義》）。
「命門之火，謂之元氣，命門之水，謂之元精」（《類經附翼·求正錄》）。可見，張景嶽認為命門的功能包括了腎陰、腎陽兩方面的作用。
4．命門內寓真火，為人身陽氣之根本：「命門者，先天之火也……心得命門而神明有主。如可以應物：肝得命門而謀慮，膽得命門而決斷，胃得命門而受納，脾得命門而轉輸，肺得命門而治節，大腸得命門而傳導，小腸得命門而布化，腎得命門而作強，三焦得命門而決瀆，膀胱得命門而收藏，無不借命門之火而溫養也」（《石室秘錄》）。
這種觀點把命門的功能，稱為命門真火，或命火，也就是腎陽，是各臟腑功能活動的根本。所以周省吾則進一步強調：「命門者，人身之真陽，腎中之元陽是已，非另是一物」（《吳醫匯講》）。
縱觀歷代醫家對命門的認識：從形態言，有有形與無形之爭；從部位言，有右腎與兩腎之間之辨；從功能言，有主火與非火之爭。
但對命門的主要生理功能，以及命門的生理功能與腎息息相通的認識是一致的。我們認為腎陽，亦即命門之火，腎陰，亦即張景嶽所謂「命門之水」。腎陰，亦即真陰、元陰；腎陽，亦即真陽、元陽。古人言命門，無非是強調腎中陰陽的重要性。
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