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3位疾控科研工作者的40天戰疫

成科軒 科技日報記者 盛利

在成都市疾病預防控制中心新冠肺炎疫情應急指揮中心,應急與業務管理辦公室主任庹曉莉正緊盯“新冠肺炎密切接觸者采集分析系統”,一刻不松懈地工作著。

作為成都都市科技局支持下,成都市疾控中心承擔的“成都地區新型冠狀病毒疫情應急響應模式的構建及應用”應急科技突破項目中的重要組成部分,這套系統是庹曉莉和團隊緊急科研突破的成果,從研發到上線,僅僅用了72小時。

構建新型冠狀病毒肺炎病例及密切接觸者實時采集分析系統;掌握成都市新冠疫情的流行特徵;探索成都市新冠病毒肺炎的時空分布規律……作為抗擊新冠肺炎的“排頭兵”該中心的科研人員,正與時間賽跑,在科研一線戰“疫”。他們有的人已“連軸轉”了1個多月,有的人每天工作超過16個小時,熬過數不清的夜……27日,科技日報記者走近這個用科技賦能戰“疫”的特殊群體。

72小時誕生實時采集分析系統

幹練、冷靜,是庹曉莉給人的第一印象。在中心辦公室裡,她一直對著電腦,不斷地記錄著各種數據,作為成都市疾控中心應急與業務管理辦公室主任,從2003年的SARS到2008年的“5.12”特大地震,從禽流感到甲型H1N1流感疫情,她一直都是在突發公共衛生事件中衝鋒在前的“逆行戰士”。

庹曉莉駐守的新型冠狀肺炎疫情應急指揮中心,是疾控指揮調度及信息匯總分析的樞紐,成都市每日新冠肺炎疫情最新數據即來源於此。每天工作超過13個小時,有時候甚至通宵加班,電話24小時在線,這早已成為她的常態。

對密切接觸者追蹤管理,是疫情防控中的重要環節。如何精準的做到信息共享和統計分析,更是成了疫情決策的關鍵。“最開始我們采取的是人工統計報表的方式,隨著新冠病人的數量增多,密切接觸者的數量也越來越龐大,這給9個人的追蹤統計工作組帶來很大挑戰。”庹曉莉說。

庹曉莉在工作中

在成都市科技局應急突破項目的支持下,庹曉莉和團隊在已有的疾病監測系統上,僅僅用了3天時間,就研發完成了“成都市新型冠狀病毒肺炎病例及密切接觸者實時采集分析系統”的1.0版,它將所有確診病例、疑似病例以及密切接觸者納入一個完整的數據庫,分級分類管理,快速追蹤。

“時間就是生命,我們必須分秒必爭。”庹曉莉說,研發期間團隊成員每天都在緊張的防疫工作之餘“見縫插針”商量、討論,修改……目的就是讓這個系統能夠盡快上線。目前該系統管理的密接者累計已達到6000多人,密切接觸者的信息追蹤管理效率、數據采集匯總分析效能,均得到極大提升。

目前,庹曉莉與團隊還在進一步完善系統功能。“一方面,系統采集信息的功能息需要完善。如復工人員的情況。另一方面,系統的統計分析的功能也需要不斷完善。”庹曉莉說,團隊計劃聚焦數據的可視化呈現,把“枯燥”的數字代表的意義表達出來。“未來,其他的傳染病防控,這套系統也將繼續發揮重要作用。”

5小時出一張接觸者“人物關係圖”

“過去14天去了哪些地方?”“搭乘了哪些交通工具?接觸了哪些人?”“吃飯的時候和誰坐在一起,和誰說了話?”新冠肺炎疫情暴發以來,嶽勇所帶領的成都市疾控中心流行病學調查組,正奔波在各處醫院、隔離點。而這樣的現場調查,短則2-3小時,多則甚至要3-5小時。

隔著密不透風的防護服,艱難的記錄著每一次問答,他們只為找到“蛛絲馬跡”,迅速確定所有密切接觸者。

嶽勇,是成都市疾控中心流行病學調查組副組長、傳防科副科長。從1月15日,嶽勇和他科室的12人,就全部進入了“備戰”狀態:白天,在疫情一線,詢問確診和疑似病例過去14天的活動軌跡和接觸人員,展開流行病學調查;晚上,在辦公室形成調查報告,分析可能的感染來源,初步預判高危風險的密切接觸者,提出下一步工作開展方向。

在每日更新的“疫情地圖”中有多少例確診?有多少例疑似?又有多少密切接觸者,他們都出現在哪裡?在本次疾控中心承擔的成都市應急科技突破項目中,即提出要“掌握成都市新冠疫情的流行特徵”、“通過典型的聚集性疫情案例,探索分析新型冠狀病毒的傳播模式”。

“從某種意義上來講,流行病學調查與刑警辦案一樣,越快地排查鎖定‘嫌疑人’就越有利於案件偵破或減少案件再發生。”嶽勇說,團隊會把疑似或確診病例的行動軌跡、傳染案例畫成關係圖,分析成都所有確診病例傳染路徑、地區分布、人群特點;然後通過大數據,最終形成“流調”報告,提出合理的預防對策和健康服務措施。

嶽勇和同事進行“流調”分析

“目前我們對新冠病毒的了解有限,還需要不斷的加深認識。只有這些工作做得越深入,信息越細致,才能盡快掌握一手資料。”嶽勇說。

用GIS系統探索病毒時空分布規律

在疾控中心微檢科收樣室,杜長慧在審讀流調報告的間隙,正在抓緊時間構思測試GIS地理信息系統在疫情防控中如何發揮作用。在已掌握的數據基礎上,如何形成對病毒規律進一步的系統認識?杜長慧團隊和微生物檢驗科正在通力協作,正計劃借助GIS地理信息系統,結合病原基因測序與進化分析,對病毒傳播進行分子溯源,探索病例的傳播模式及病毒進化的時空分布規律。

作為項目牽頭人之一,杜長慧和團隊已完成了大量的方法和技術測試和準備,數據整理和分析也在有序開展。他說,此前團隊曾計劃在成都地區諾如病毒的分子流行病學研究引入GIS系統,以研究病毒進化時空分布規律,已積累了一定的研究基礎,此次也希望通過這項技術為新冠疫情防控提供幫助和支持。

杜長慧在工作中

“一邊是整體,我們正在利用GIS系統,將探索成都市新冠病毒肺炎的時空分布規律,從群體角度構建其時空分析模式。一邊是個體,我們通過前期數據搜集,從個案出發,構建個體傳播軌跡展示技術。”杜長慧說。

與此同時,經過前期收集病例和密接的流行病學信息、采集病例的標本,科研團隊還將建立基因測序方法,挑選合格標本進行測序與進化分析,整理並數字化流調信息,並在GIS系統和分子溯源技術的助推下,展示新冠病毒的傳播模式及病毒進化的時空分布規律。

來源:科技日報 文中圖片均由受訪者提供

編輯:嶽靚

審核:王小龍

終審:冷文生

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