中外合作揭示急性B淋巴細胞白血病分子分型新進展

責編丨迦漵

白血病（Leukemia）也稱為「血癌」，是一類起源於造血乾細胞的惡性腫瘤。從基因層面上來說，白血病的發生發展與基因的改變密切相關。在正常生理過程中，每個人的DNA複製都受到非常精密的調控，嚴格遵守中心法則，並且還有多種輔助機制對複製中產生的突變進行檢查和修復。但在腫瘤形成過程中，細胞的基因組複製常會引入一定的變異，比如單鹼基突變，融合基因等。這些染色體結構變異或者基因突變不僅是白血病分型的重要依據，還是影響白血病治療和預後的重要因素。

近日，由上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院，醫學基因組學國家重點實驗室，上海血液學研究所，國家轉化醫學中心（上海）牽頭，聯合上海兒童醫學中心、美國聖述德兒童醫學研究院、瑞典隆德大學、日本東京大學、新加坡國立大學等10餘家國際著名科研院所和醫院，採用轉錄組學大數據驅動策略，開展急性淋巴白血病的國際多中心轉錄組學數據分析，報導了1,223例B-ALL病例的轉錄組全景圖譜（圖1），如融合基因、基因突變和異常基因表達通路（圖2）。該工作近日以Transcriptional landscape of B cell precursor acute lymphoblastic leukemia based on an international study of 1,223 cases為題發表在PNAS雜誌上。

該研究共定義了十四個B-ALL基因表達亞組（G1-G14）。其中八個亞組（G1-G8）與之前的文獻報導完全一致（MEF2D基因融合亞組，TCF3-PBX1基因融合亞組，ETV6-RUNX1基因融合/ ETV6-RUNX1-like亞組，DUX4 基因融合亞組，ZNF384基因融合亞組，BCR-ABL1 融合/ Ph-like亞組，高二倍體核型亞組，和 KMT2A融合亞組），同時新定義了六個額外的基因表達亞組：G9與PAX5和CRLF2基因融合相關；G10和G11分別普遍存在PAX5（p.P80R）和IKZF1（p.N159Y）基因突變；G12與IGH-CEBPE基因融合和ZEB2（p.H1038R）基因突變；G13和G14分別富集TCF3/4-HLF和NUTM1融合。

預後分析結果顯示，在兒童B-ALL中，G2-G5以及G7（51至65/67染色體）亞組較為低危險度，G7（≤50個染色體）和G9為中危險度，而G1，G6和G8為高危險度亞組。在成人B-ALL中，G1，G2，G6和G8與高危險度相關，而G4，G5和G7的相對較好。該項研究所納入的數據集全面地揭示了B-ALL的基因表達亞組，這些基因表達亞組具有非常明顯的基因融合、基因突變和異常基因/通路表達等分子異常特徵。同時，該項研究成果為B-ALL疾病分型、預後分層的優化，以及疾病的精準醫療提供重要支持，同時，也強烈建議引入RNA測序作為ALL的常規臨床診斷手段之一。

據悉，瑞金醫院黃金艷研究員、陳賽娟研究員、瑞典隆德大學Thoas Fioretos教授、美國聖述德兒童醫學研究院Ching-Hon Pui教授為共同通訊作者，上海交大碩士研究生李劍峰、博士研究生代雨婷和瑞典隆德大學副研究員Henrik Lilljebj?rn為共同第一作者。該工作獲得了上海交通大學高性能計算中心的大力支持，所有計算均在上海交大的π超算上完成。

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