在選用六味地黃丸的不同劑型時應從使用範圍、病情需要、個體差異、年齡，以及使用者的經濟狀況等各個方面加以考慮。如用於腎陰虛的患者，一般以蜜丸較好；腎陰虛而虛熱明顯，潮熱盜汗或五心煩熱、咽乾口燥者，宜用口服液、煎膏劑或顆粒劑;腎陰虛而有糖尿病的患者，宜服用含糖量少或不含糖的水丸、無糖顆粒、膠囊劑、口服液。
近代研究表明，六味地黃丸還可用於肝腎陰虛所表現的高血壓、肺結核、腎結核、糖尿病以及小兒發育障礙等方面的治療。
六味地黃丸主要功效是滋陰補腎，因此並非是人人適用。依據個人體質的不同，服用六味地黃丸偶爾也會出現一些不良反應，需格外注意。
六味地黃丸隻適用於腎陰虛的患者，且不可當保健品長期服用，否則事倍功半，甚至會引起不良反應。
但須注意的是，六味地黃丸可以治療小兒發育障礙、發育不良等病，但在用藥用量上要特別注意，一般來說，3歲到6歲，用量是成人用量的四分之一；6歲到10歲，用量是成人用量的二分之一，且需辨證確診後方可用藥。
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