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B肝靶向長讀測序,有望解決PCR檢測局限,全面描述HBV整合_序列

作為一種DNA病毒,B肝病毒整合到宿主基因組中與肝細胞癌(HCC)的發生發展有關。2020年歐洲肝髒學術研究年會上(EASL 2020),來自美國吉利德科學、中國香港大學、西班牙巴塞隆納VALL D'HeBron大學醫院、法國Bejjon AP-HP醫院的研究人員共同解釋了慢性B肝患者(CHB)肝活檢中,整合HBV-DNA的結構與表達模式。

B肝靶向長讀測序,有望解決PCR檢測局限,全面描述HBV整合

目前,全球已經通過PCR的檢測或短讀測序進行對B肝病毒整合到人體宿主肝細胞基因組觀察。但是,這些方法有一定局限性,也會阻礙醫藥學研究人員全面觀察B肝病毒整合到宿主基因組的過程。在EASL 2020上,研究人員提出,使用B肝病毒靶向測序策略來確定慢性B肝患者(CHB)肝髒中的病毒整合的完整結構。研究人員定義了完整的HBV-DNA整合序列;

並將這些序列與RNA序列的數據進行比較,以確定有效率的整合與非生產性整合。具體的研究方法如下:對入選吉利德科學臨床試驗GS-US-174-0149的29名慢性B肝患者進行肝組織活檢,B肝e抗原陽性和陰性樣本分布均勻,其中有5名在基線檢查後的96周采集。基因組DNA被剪切成7kb片段,並進行條碼複用,使用IDT-xGen平台和針對B肝病毒基因型A-H的生物素化120bp探針的定製面板進行B肝病毒富集。

使用Pacific Biosciences Sequel II(PacBio)對富集的B肝病毒DNA文庫進行測序,並與相應的RNA序列進行比較。研究結果表明,靶向富集提高了HBV序列的檢出率,PacBio平台產生了數千鹼基長的高質量的讀碼器,其中許多讀碼器包含整個病毒整合序列和數千個相鄰宿主序列的鹼基對。相反,短讀全基因組測序數據隻檢測到病毒-宿主連接。

研究人員還觀察到,由非整合HBV引起的轉錄本,通過3.2kb的讀碼來鑒定,不包括宿主序列。把宿主/HBV嵌合讀數與來自相同肝組織活檢的RNA序列數據進行比較,以匹配轉錄物與特定整合事件。一些與HBV直接重複序列(DR1和DR2)無關的部分整合事件被發現,儘管被插入或靠近宿主基因位點,但在轉錄上表現出沉默。

大多數轉錄整合包含驅動S轉錄表達的HBV啟動子序列,並且與hbvdr1區相關。基於以上研究數據,研究人員得出結論,那就是與全基因組測序相比,靶向長讀測序具有更好的準確性和更廣的覆蓋面。這種方法可以全面、完整的闡述B肝病毒(HBV)一級序列,並且,當與RNA序列數據配對時,可以顯示轉錄活性事件和非活動事件之間的差異。

小番健康結語:以上研究數據和結論發表於2020年歐洲肝髒研究年會上,由來自美國吉利德科學、中國香港大學、西班牙巴塞隆納以及法國醫院的研究人員共同完成並解讀。研究說明,靶向長讀測序,能夠揭示慢性B肝患者在肝組織活檢中整合的HBV-DNA的結構與表達模式。由於B肝病毒屬於DNA病毒,其整合到宿主基因組與肝癌發生發展存在關聯。

以往,科學界主要是通過PCR檢測或短讀測序來觀察HBV整合宿主基因組的過程,這些方法有一定局限並阻礙研究人員觀察到HBV整合的完整過程。本研究主要通過入選吉利德科學臨床試驗的28名CHB進行肝活檢,結果表明,相比以往對全基因組測序,EASL 2020提出的靶向長讀測序具有更準確和更廣的覆蓋面,它能夠闡明完整的HBV一級序列。返回搜狐,查看更多

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